Michael Mason, seorang penyendiri yang tinggal di sebuah pulau terpencil di Skotlandia, menyelamatkan seorang gadis dari ganasnya lautan. Tanpa disangka, tindakan ini memicu serangkaian peristiwa berbahaya yang berujung pada penyerangan rumahnya, memaksanya untuk kembali menghadapi masa lalunya yang kelam.
Film dibuka di sebuah pulau kecil yang terisolasi di lepas pantai Skotlandia. Michael Mason hidup menyendiri hanya ditemani anjingnya. Dengan sebuah rumah kecil, mercusuar, dan rumah kapal, ia menjalani kehidupan yang sangat tertutup. Untuk bertahan hidup, ia menerima pasokan dari Jessie dan pamannya, yang tanpa sepengetahuan Jessie, pernah bertugas bersama Mason di masa lalu.
Dari rumahnya, Mason mengawasi kedatangan mereka. Jessie mendayung ke tepi pulau dan membawa peti pasokan ke rumah kapal. Sebelum pergi, ia meletakkan sebuah kotak kecil sebagai hadiah untuk Mason. Jessie lalu mendayung kembali ke kapal pamannya. Setelah mereka menjauh, Mason turun untuk mengambil peti tersebut. Ia melihat kotak hadiah itu dan membiarkannya di sana, karena ia tidak ingin dekat dengan siapa pun. Hari-hari berikutnya dihabiskan Mason dalam keheningan; minum-minum, berjalan-jalan dengan anjingnya, bermain catur melawan dirinya sendiri, dan tidur.
Sementara itu, di London, seorang pria bernama Manafort sedang dicecar oleh komite pemerintah terkait penggunaan program pengawasannya yang tidak etis dan diduga ilegal, dengan nama sandi THEA. Panel komite mencatat bahwa THEA telah menyadap setiap telepon dan kamera di Inggris, mengumpulkan dan menyimpan data yang pada dasarnya mengubah negara menjadi negara polisi. Manafort membela diri dengan menyatakan bahwa THEA telah mencegah puluhan serangan dan berhasil mengidentifikasi banyak teroris.
Segera setelah sidang, Manafort bertemu dengan Perdana Menteri. Mereka membahas bagaimana kontroversi THEA membuat posisi pemerintah menjadi serba salah. Setelah mematikan alat perekam di kantor, Perdana Menteri menawarkan sebuah kesepakatan: Manafort akan dipecat di depan publik sebagai bentuk pertanggungjawaban, dan posisinya akan digantikan oleh anak didiknya, Roberta. Sebagai imbalan, Manafort diizinkan “kembali ke bayang-bayang” untuk mengendalikan para agen dan program THEA-nya sesuka hati. Manafort setuju, dan Perdana Menteri mengucapkan selamat atas masa pensiunnya.
Beberapa hari kemudian, Jessie dan pamannya kembali ke pulau Mason untuk mengantarkan pasokan di tengah badai yang sangat buruk. Sang paman menyuruh Jessie bergegas karena badai semakin mengganas. Namun, sesampainya di darat, Jessie malah membawa barang-barang itu ke pintu Mason dan mengetuk keras.
Saat Mason membuka pintu, Jessie menyerahkan pasokan tersebut sekaligus memaksa memberikan hadiah yang pernah ia tinggalkan. “Kebanyakan orang biasanya bilang terima kasih,” sindir Jessie. Mason malah menyuruhnya untuk tidak pernah datang lagi ke pintunya. Saat Mason mencoba menutup pintu, Jessie menahannya dengan kaki dan menegaskan bahwa ia tidak takut padanya. Mason akhirnya tetap menutup pintu itu.
Akibat perdebatan tersebut, waktu terbuang sia-sia dan badai semakin parah. Kapal paman Jessie terombang-ambing keras oleh ombak. Jessie mencoba kembali dengan perahunya, tetapi ia terhempas arus ombak. Tak lama, kedua kapal tersebut terbalik. Mason yang melihat kejadian itu dari jendela segera bertindak. Ia berlari ke rumah kapal, meluncurkan perahu bermesin miliknya, dan pergi menyelamatkan mereka. Mason terpaksa menyelam dan menemukan Jessie terjerat tali kapal pamannya. Setelah membebaskannya, Mason melihat sang paman sudah tenggelam dan terjebak di dalam kabin. Karena tak bisa berbuat apa-apa lagi untuk pria itu, Mason membawa Jessie ke permukaan dan menyelamatkannya ke pulau.
Keesokan harinya, Jessie terbangun dengan pergelangan kaki memar yang terinfeksi. Mason memberitahu bahwa ia harus tinggal di sana selama beberapa hari. Ketika Jessie menanyakan pamannya, Mason terpaksa menyampaikan kabar buruk tersebut, yang membuat Jessie sangat terpukul.
Selama masa pemulihan, Jessie mengamati rutinitas Mason: minum, bermain catur, dan tidur. Suatu hari, ia menggeledah barang-barang Mason dan menemukan sebilah pisau. Ia juga melihat bahwa Mason akhirnya membuka hadiah darinya: sebuah bola salju kecil berisi miniatur mercusuar. Ketika Mason datang memeriksa kakinya, Jessie yang mengira akan disakiti langsung menodongkan pisau tersebut. Alih-alih marah, Mason malah mengoreksi cara Jessie memegang pisau yang salah. Jessie bertanya mengapa Mason tidak memanggil polisi. Mason menjawab bahwa ia tidak bisa, dan ia tahu Jessie kini sebatang kara—ibunya sudah tiada, ayahnya tak pernah ia kenal, dan pamannya adalah satu-satunya keluarga yang tersisa.
Mason berjanji Jessie boleh pergi setelah lukanya sembuh. Pasrah, Jessie mencoba beradaptasi. Ia mulai akrab dengan anjing Mason (yang ia beri nama Jack) dan terbukti mahir bermain catur. Namun, Mason menyadari infeksi Jessie butuh obat yang layak, sehingga ia nekat pergi ke daratan utama menuju apotek. Sebagai mantan agen elit, Mason berusaha menghindari semua kamera, namun ia tak sengaja tertangkap kamera ponsel seseorang. Rekaman itu masuk ke sistem THEA dan langsung menandainya sebagai teroris berbahaya. Roberta, dari pusat komandonya, melihat peringatan ini dan mengirim pasukan pembunuh. Manafort juga melihat peringatan yang sama dari rumahnya, menyadari bahwa rahasia kelamnya terancam terbongkar.
Mason kembali malam itu dengan obat, tetapi samar-samar ia mendengar suara perahu mendekat. Ia menyuruh Jessie bersembunyi di kamar mandi dan segera menyusun jebakan. Sebuah pasukan pembunuh beranggotakan enam orang mendarat di pantai.
Mason menarik tuas, melepaskan jaring yang menjerat satu orang dan menyeretnya tenggelam ke laut. Ia lalu menyalakan lampu sorot yang menyilaukan, membuat kacamata night vision mereka tidak berguna. Mason menjatuhkan batu besar ke arah target kedua, menghancurkan lentera ke tubuh target ketiga lalu menembaknya dengan pistol suar hingga terbakar hidup-hidup, serta menusuk leher target keempat sebelum mendorongnya dari tebing.
Di saat bersamaan, satu tentara menemukan rumah Mason dan menembak mati Jack yang mencoba menyerangnya. Tentara itu menyeret Jessie dari kamar mandi menuju pantai. Mason berhasil membunuh orang kelima di rumah kapal dengan menusukkannya ke kail besar dan merebut senjatanya. Saat melihat Jessie diseret, ia menembak mati prajurit terakhir. Setelah mengemas persediaan (dan melihat anjingnya telah tiada), Mason menelepon seorang teman dan mengatakan bahwa ia sedang dalam pelarian membawa kargo dan butuh bantuan. Mereka pun bergegas kabur dari pulau.
Di markas MI6, Roberta sangat syok mengetahui seluruh timnya tewas, dan mulai bertanya-tanya siapa sebenarnya Mason.
Tiba di daratan utama, Mason dan Jessie menemukan sebuah rumah pertanian. Setelah Mason mengajari Jessie cara memegang senapan serbu sitaan dengan benar, ia masuk ke rumah namun langsung ditodong senapan berburu oleh pemiliknya. Dengan sigap, Jessie menyergap pria itu dari belakang dan memintanya menurunkan senjata dengan sopan. Mengingat Mason terluka, Jessie memohon bantuan pria tersebut.
Sementara itu, Roberta mencegat laporan telepon ke polisi dari rumah pertanian itu. Ia mengirim seorang agen bernama Workman untuk membawa Mason hidup-hidup. Tanpa sepengetahuan Roberta, Workman adalah anak buah setia Manafort. Manafort diam-diam menghubungi Workman dan memberikan perintah utama, bunuh Mason, dan juga bunuh Jessie.
Saat luka Mason sedang diobati, putra sang petani masuk dengan wajah bersalah dan mengaku telah menelepon polisi. Polisi pun tiba di lokasi, namun Roberta segera menghubungi mereka dan melarang intervensi. Ketika sang petani panik dan mencoba keluar rumah, ia malah ditembak mati oleh Workman, yang dari kejauhan mengiranya sebagai Mason. Mendengar hal ini, Roberta mencoba menghentikan Workman, namun komunikasi Workman telah dimatikan. Ia kini bertindak di luar kendali.
Mason dan Jessie melarikan diri lewat pintu samping. Mason melumpuhkan polisi tanpa membunuh mereka dan merampas mobil patroli. Workman mengejar dengan beringas, namun Mason berhasil membuat mobil Workman terguling. Mereka berdua lalu menemukan bengkel terpencil dan berganti kendaraan. Di tempat lain, Workman yang terluka membajak mobil warga sipil, membunuh seorang polisi dan wanita pemilik mobil karena menjadi saksi.
Melihat kekacauan ini, Roberta berbicara dengan rekannya, Maddison. Maddison menyadari bahwa foto Mason di sistem tidak cocok dengan identitas yang muncul. Setelah meretas sistem pelindung, Maddison menemukan berkas asli Mason: ia adalah tentara black ops berprestasi yang membelot setelah menolak perintah membunuh ilmuwan Iran yang tak bersalah. Mason memalsukan kematiannya dan bersembunyi sejak saat itu.
Mason dan Jessie tiba di sebuah rumah hutan milik kawan lama Mason, Arthur Booth (Daniel Mays). Mason ingin menitipkan Jessie agar aman. Namun, Mason menyadari bahwa Arthur pernah menukar fotonya dengan pria tak bersalah di sistem, tapi Manafort sengaja menggantinya lagi menjadi foto teroris. Itulah alasan pasukan mematikan tadi dikirim ke mercusuarnya.
Saat Mason meminta bantuan, Arthur menolak. Jessie tak sengaja melihat botol-botol obat dan menyadari alasannya: Arthur mengidap kanker stadium akhir dan meminum obat yang sama seperti mendiang ibu Jessie. Arthur dengan sedih mengakui bahwa umurnya mungkin tinggal satu tahun lagi.
Tiba-tiba, Workman yang melacak mereka mendobrak masuk. Mason dan Workman terlibat perkelahian hebat di perpustakaan. Saat Workman hampir menusuk Mason, Jessie menodongkan pistol ke arahnya dan memohon agar ia berhenti. Tak punya hati nurani, Workman malah merebut pistol itu. Mason segera menerjang Workman, memberi kesempatan baginya dan Jessie untuk melompat ke mobil Arthur dan kabur di bawah hujanan peluru.
Berhenti di sebuah kota kecil, Arthur memberikan ponsel darurat kepada Mason. Mason menasihati Jessie agar sangat berhati-hati menghindari kamera. Meski begitu, sebuah kamera di dalam mobil tak sengaja merekam mereka. Manafort, yang mengawasi dari jauh, langsung menghapus gambar itu dari THEA dan mengirim lokasi mereka ke Workman. Namun, hal ini menjadi bumerang; Maddison dan Roberta mendeteksi akses tersebut, mengunci Manafort dari sistem THEA, dan akhirnya memiliki bukti kuat bahwa Manafort berada di balik semua ini.
Kehabisan opsi, Mason membawa Jessie ke sebuah kelab malam milik Kamal, seorang gembong penyelundup. Setelah menghajar penjaga pintu, Mason menemui Kamal. Ia meminta paspor palsu dan dana agar Jessie bisa memulai hidup baru. Awalnya menolak karena merasa Mason tak punya posisi tawar, Kamal akhirnya luluh ketika Mason mengingatkan bahwa dengan kembalinya Manafort berkuasa, Kamal bisa kapan saja dibunuh untuk menghilangkan jejak.
Manafort, yang mengetahui lokasi mereka, mengirim pasukan bayaran ke kelab. Di saat yang sama, Roberta juga meluncurkan timnya sendiri. Menyadari tim Manafort sudah lebih dulu tiba, Roberta kini punya bukti nyata operasi ilegal Manafort.
Kamal menyerahkan identitas baru dan uang kepada Mason, serta menginformasikan lokasi kapal yang akan berangkat dalam tiga puluh menit. Jessie menolak pergi, namun Mason menegaskan bahwa ini demi keselamatannya. Saat itu juga, pasukan Manafort menyerbu. Mason melumpuhkan mereka satu per satu, namun seseorang berhasil menculik Jessie. Dibantu panduan kamera dari Arthur, Mason berlari menghindari tim Roberta, menyelamatkan Jessie, dan mereka memacu kendaraan ke arah dermaga.
Tiba di pelabuhan, Mason menyuruh Jessie naik ke kapal, namun Jessie terus menolak meninggalkannya. Tiba-tiba peluru berdesingan, Workman telah tiba. Mason segera menjatuhkan Jessie ke kapal yang langsung melesat membawanya ke tempat aman. Mason dan Workman saling tembak hingga kehabisan peluru. Dalam pertarungan jarak dekat yang brutal, Workman menyerang dengan pisau. Mason meraih rantai panjang yang terikat pada potongan pipa besi besar, mengayunkannya, dan menghantam kepala Workman hingga lehernya patah dan tewas seketika.
Beberapa hari kemudian, Manafort bersantai di rumah mewahnya, menonton berita tentang Roberta yang harus membereskan kekacauannya. Sambil menuang minuman, ia melirik ke luar jendela dan menyadari kedua penjaganya telah tewas. Sadar akan apa yang terjadi, Manafort menenggak minumannya. Ia berbalik dan melihat Mason berdiri di sana.
Manafort menegur Mason, menyebutnya “anak emas” yang rusak karena tiba-tiba memiliki hati nurani. Mason membalas bahwa target yang dulu disuruh untuk ia bunuh adalah orang tak bersalah. Manafort mencoba merayu Mason untuk kembali bekerja di bawahnya, mengklaim bahwa ia kini punya kuasa penuh untuk negara. Mason menjawab dengan dingin bahwa pola pikir seperti itulah yang membuatnya tak menarik pelatuk sepuluh tahun lalu… dan mengapa ia harus menarik pelatuknya sekarang. Mason menembak Manafort hingga tewas.
Tiga bulan kemudian, di sebuah kafe di Spanyol, Jessie terlihat menikmati hidup barunya. Roberta dan agen MI6 diam-diam mengawasinya dari jauh, yakin bahwa suatu hari Mason pasti akan menemuinya. Mereka bersiap untuk menyudahi pengintaian hari itu, ketika mereka melihat kamera keamanan di dalam kafe tempat Jessie berada tiba-tiba bergerak miring ke atas—menandakan ada yang meretasnya.
Seorang kasir memberikan sebuah tas belanjaan kecil kepada Jessie, mengatakan bahwa ada seorang teman yang menitipkannya. Saat Jessie membuka tas tersebut, kamera menyorot sosok Mason yang berjalan santai di seberang jalan. Di dalam tas, Jessie menemukan sebuah bidak catur, pesan tersirat dari Mason bahwa ia baik-baik saja. Jessie menoleh ke luar jendela, tetapi Mason sudah menghilang di keramaian, puas mengetahui bahwa Jessie kini aman sepenuhnya.
