Codename 13, seorang pembunuh bayaran berusia 17 tahun, diskors setelah gagal dalam misi di Jepang. Ia kemudian bertemu Monji, bocah 11 tahun yang kehilangan ibunya, dan bertekad menyelamatkannya.
Seorang remaja berusia 17 tahun dikenal dengan sandi Codename 13. Ia adalah seorang Shadow, pembunuh bayaran muda dari organisasi internasional yang melatih anak-anak hingga kehilangan identitas. Dalam sebuah misi di Jepang, ia berhasil mengeksekusi target utamanya, Yoshinori, kepala klan kriminal. Namun dalam prosesnya, seorang geisha yang dipanggil Yoshinori ikut terbunuh secara tidak sengaja. Kematian orang tak bersalah itu membuat 13 terguncang seketika.
Di saat lengah, pengawal klan hampir berhasil melumpuhkannya, tetapi Umbra, mentornya, datang. Dengan kecepatan dan brutalitas khas Shadow, Umbra membantai seluruh anggota klan lalu menyeret 13 pergi. Alih-alih mendapatkan pengakuan, 13 justru dihukum karena dianggap kehilangan fokus. Ia diskors, dikirim ke Jakarta untuk evaluasi psikologis dan pemulihan.
Di Jakarta, 13 hidup di sebuah safehouse, dikepung sepi dan mimpi buruk yang terus menghantuinya — tentang ibunya yang terbunuh di masa lalu. Ia selalu diperintahkan untuk menelan obat-obatan yang menjaga ingatannya tetap kosong. Setiap kali berusaha mengingat namanya sendiri, rasa sakit kepala hebat menyerangnya, seolah ada sesuatu yang sengaja dipaksa hilang.
Di lingkungan safehouse, 13 bertemu dengan bocah sebelas tahun bernama Monji dan ibunya, Asti, seorang pekerja seks yang terikat pada Haga, pemilik klub Moonrose sekaligus pelaku perdagangan manusia. Suatu malam, 13 menyaksikan Asti dan Monji dipukuli oleh Haga dan anak buahnya. Meski menyadari kejamnya situasi, ia tidak turun tangan. Pagi berikutnya, tubuh Asti ditemukan tak bernyawa, disimpulkan sebagai overdosis. Monji kehilangan ibunya, sementara polisi yang datang, dipimpin detektif Prasetyo, memperlihatkan wajah dingin tanpa niat menolong.
Hari-hari berikutnya, 13 mulai berhubungan dengan Monji, merasa bersalah atas sikap pasifnya. Ia mengajak bocah itu ke makam ibunya, mencoba memberi penghiburan. Namun tak lama kemudian, Monji menghilang.
Mencurigai keterlibatan Haga, 13 menangkap Jeki, salah satu anak buah Haga. Dengan paksa, ia memerintahkan Jeki untuk membawanya ke klub Moonrose. Dari mulut Jeki, ia mengetahui bahwa Haga memiliki saudari kembar bernama Soriah, yang sama-sama kejam, dan keduanya bekerja sama dengan orang-orang berpengaruh: Prasetyo yang korup, Ariel, seorang bandar narkoba muda yang mencalonkan diri sebagai wakil gubernur, serta ayah Ariel, Soemitro, bos kriminal besar dengan pengaruh politik yang luas.
Di klub Moonrose, Soriah sedang mengatur transaksi narkoba dengan bandar besar, Abi Kabil. Saat 13 menyusup, ia menemukan rekaman CCTV yang menunjukkan Monji masuk ke klub malam sebelumnya, lalu dibawa pergi oleh Prasetyo dan Haga.
Sementara itu, di Kamboja, Umbra menjalankan misinya sendiri. Ia mendapati bahwa target-target yang dibunuhnya ternyata juga sesama Shadow. Saat menghadapi target utama bernama Volver, Umbra terkejut mengetahui bahwa perempuan itu sedang hamil — sesuatu yang dianggap mustahil bagi Shadow. Umbra bimbang, dan membiarkannya pergi. Namun rekannya, Troika, segera muncul dan menghabisi Volver. Umbra mulai menyadari ada sesuatu yang salah dengan misi-misi yang diberikan padanya.
Kembali di Jakarta, 13 menyerbu Moonrose dan membunuh Haga. Kematian Haga membuat Soriah murka, memicu baku tembak besar di klub. 13 bertarung habis-habisan melawan pasukan keamanan, menghabisi mereka semua, lalu kabur bersama Jeki. Namun mereka segera berpisah setelah Jeki menolak terlibat lebih jauh.
Kematian Haga membuat situasi semakin panas. Soemitro menghajar Ariel setelah tahu Asti, perempuan yang dibunuh, ternyata mengandung anak Ariel. Sang ayah menganggap Ariel bodoh karena menciptakan masalah besar. Ariel, dipenuhi amarah, melampiaskan kekejaman pada Monji yang disiksanya dalam tahanan.
Prasetyo, panik karena rekan-rekannya mulai tumbang, melancarkan perburuan terhadap 13. Ia memimpin serangan ke rumah nenek Jeki, namun 13 berhasil menggagalkannya. Prasetyo kabur, lalu menjebak 13 ke mansion Ariel. Di sana, 13 berhasil membunuh Prasetyo sebelum dilumpuhkan oleh Ariel dan Soriah.
Soemitro muncul tepat waktu dan menghentikan mereka. Ia memutuskan memanfaatkan 13 untuk melindunginya saat transaksi besar dengan Kabil berlangsung. Menurutnya, kekacauan yang ditimbulkan 13 bisa dimanfaatkan untuk menyingkirkan Kabil sekaligus meraih keuntungan dua juta dolar.
Malam itu, 13 sempat bersama Monji yang dalam keadaan terluka parah. Bocah itu semakin lemah, hingga akhirnya tak mampu bertahan.
Hari transaksi tiba. Monji, yang berada dalam mobil bersama Soemitro dan Jeki, meninggal dunia. Jeki memberi sinyal pada 13. Mendapati kabar itu, 13 goyah, kehilangan fokus, dan gagal mengeksekusi Kabil sesuai rencana. Kekacauan pun pecah. Pasukan Kabil dan Soemitro saling menghabisi. Soemitro tewas, Kabil tewas, dan semua prajurit mereka mati bersamaan.
Dalam situasi kacau itu, 13 menghabisi pasukan Ariel satu per satu. Pertarungan panjang dengan Ariel berakhir dengan kemenangan berdarah untuk 13. Soriah mencoba membalas, namun dihentikan oleh Jeki yang menembaknya hingga mati.
13 membawa jasad Monji pergi. Namun di perjalanan, mobil mereka dihantam Umbra dan Troika. Mereka ditawan. Handler menuntut Umbra menghabisi 13. Jeki mencoba melawan, namun terbunuh. 13 berhasil meloloskan diri dari ikatan, bertarung dengan Troika, dan membunuhnya setelah duel sengit.
Umbra dan 13 akhirnya saling berhadapan. Pertarungan brutal membuat keduanya sekarat, namun Umbra keluar sebagai pemenang. Saat Handler memerintahkan eksekusi, Umbra membelot, menyerangnya. Umbra ditembak hingga tewas. Dalam keputusasaan, 13 membunuh Handler.
Di pelukan 13, Umbra yang sekarat akhirnya mengungkap identitas asli muridnya. Untuk pertama kali, 13 mengetahui bahwa namanya adalah Nomi. Umbra mengembuskan napas terakhir.
Kembali ke Jakarta, Nomi menguburkan Monji. Namun perburuan belum usai. Sekelompok Shadow baru dipimpin oleh Codename 14, penggantinya, datang memburunya. Pertarungan singkat pecah hingga tiba-tiba seorang pria bertopeng muncul. Ia membunuh dua Shadow sekaligus dan memaksa 14 mundur.
Pria itu membuka topengnya, memperkenalkan dirinya sebagai Master Burai, mentor legendaris Umbra. Ia menawarkan bimbingan baru. Nomi menerimanya, menanggalkan identitas lamanya sebagai Codename 13, dan memilih melanjutkan hidup dengan nama aslinya.
