Setelah kehilangan putra mereka, Hamnet, akibat wabah, Agnes dan William Shakespeare didera duka mendalam di Inggris abad ke-16. Sebagai seorang penyembuh, Agnes harus menemukan kekuatan untuk merawat anak-anaknya yang tersisa, sembari berdamai dengan rasa kehilangan yang begitu mengguncang jiwa.
Film dibuka dengan sebuah catatan sejarah yang menyatakan bahwa pada akhir abad ke-16 dan awal abad ke-17 di Stratford, nama “Hamnet” dan “Hamlet” bisa dianggap sebagai orang yang sama.
Kisah dimulai dengan memperkenalkan Agnes Hathaway, seorang wanita yang memiliki koneksi mendalam dengan alam. Ia berjalan menyusuri hutan, menunggu elang peliharaannya mendarat di sarung tangan penjinaknya. William Shakespeare, seorang pemuda yang bekerja sebagai tutor bahasa Latin, menyaksikan pemandangan memukau ini. Terpesona, Will mendekati Agnes dan bertanya namanya, serta mencoba menyentuh elang tersebut. Burung itu mematuk jari Will, yang menurut Agnes adalah tanda kasih sayang. Pertemuan pertama yang magis ini diakhiri dengan sebuah ciuman sebelum Will pergi.
Kehidupan rumah tangga keduanya tidaklah mudah. Ayah Agnes telah menikah lagi dengan ibu tiri yang tidak disukainya, Joan, meskipun Agnes tetap dekat dengan saudara tirinya, Bartholomew. Ternyata, Will adalah guru bagi anak-anak Joan sebelum ia lari untuk menemui Agnes. Di sisi lain, Will hidup di bawah bayang-bayang ayahnya yang kasar dan penuntut, John, serta ibunya, Mary. John kerap meremehkan ambisi Will dan melakukan kekerasan fisik terhadapnya. Di desa itu, Agnes sendiri sering digunjingkan sebagai putri seorang “penyihir hutan” karena kemampuan penyembuhannya yang tidak lazim.
Hubungan mereka berkembang di sela-sela pertemuan rahasia di hutan. Will mencoba menghadiahi Agnes sarung tangan baru, namun ditolak dengan halus. Ketika Will kesulitan mengungkapkan perasaannya, Agnes memintanya bercerita. Will menceritakan kisah tragis Orpheus dan Eurydice. Momen keintiman terjalin saat Agnes mengobati luka di dahi Will menggunakan ramuan herbal warisan ibunya, Rowan. Agnes sendiri dihantui oleh ingatan kematian ibunya dan sebuah penglihatan masa depan di mana ia melihat dirinya sekarat bersama dua orang anak.
Hubungan rahasia itu membuahkan hasil yang tak terelakkan: Agnes hamil. Skandal ini memaksa Agnes meninggalkan rumahnya. Bartholomew menemaninya ke rumah keluarga Shakespeare, di mana Mary marah besar atas kelakuan putranya. Namun, Bartholomew dan John sepakat bahwa keduanya harus dinikahkan. Setelah pernikahan, Agnes melahirkan putri pertama mereka, Susanna, di dalam hutan—tempat di mana ia merasa paling aman—sesuai dengan keinginannya yang bebas.
Will terus bekerja membuat sarung tangan untuk ayahnya, namun penyiksaan fisik dan verbal dari John semakin tak tertahankan. Will akhirnya melawan balik dan meninggalkan pekerjaan itu selamanya. Ia mulai fokus pada menulis, namun tekanan hidup membuatnya terjerumus dalam masalah alkohol, sering kali pulang dalam keadaan frustrasi dan membangunkan bayi mereka. Melihat bakat dan penderitaan suaminya, Agnes mendorong Will untuk pergi ke London dan mencari pekerjaan di komunitas teater, meskipun itu berarti Agnes harus tinggal sendirian saat sedang hamil anak kedua.
Saat persalinan kedua tiba, Mary melarang Agnes pergi ke hutan dan memaksanya melahirkan di rumah. Di tengah rasa sakit, Agnes teringat trauma masa kecil saat ibunya meninggal dan betapa cepat ayahnya menikah lagi. Persalinan itu berat; Agnes melahirkan seorang putra bernama Hamnet, namun kemudian menyadari ada satu bayi lagi. Ia melahirkan bayi kembar, seorang putri bernama Judith. Awalnya, Mary menyatakan Judith lahir mati, namun Agnes dengan naluri keibuannya memeluk dan berbicara pada bayi itu hingga Judith secara ajaib mulai bernapas dan hidup.
Sebelas tahun berlalu, si kembar Hamnet dan Judith tumbuh dengan ikatan batin yang kuat. Mereka sering bertukar pakaian untuk mengelabui orang tua dan kakak mereka, Susanna. Will, yang jarang pulang, menularkan cinta teater kepada anak-anaknya. Keluarga itu sempat berkumpul untuk menguburkan elang peliharaan Agnes yang mati. Will kemudian membeli sebuah rumah besar di Stratford untuk keluarganya sebelum kembali ke London. Kepergian Will membuat Hamnet menangis sedih. Agnes mencoba menenangkan putranya dengan ramalan bahwa hidup Hamnet akan makmur, sebuah prediksi yang kelak terasa ironis dan menyakitkan.
Di London, Will menyaksikan pertunjukan boneka tentang wabah penyakit yang sedang melanda dan membunuh banyak orang. Wabah itu ternyata menjalar hingga ke Stratford. Judith jatuh sakit parah akibat pes ( plague). Agnes merawat putrinya dengan putus asa, sementara Hamnet berbaring di sisi saudaranya, berdoa memohon agar penyakit itu mengambil nyawanya saja sebagai ganti nyawa Judith. Doa itu seolah terjawab secara tragis. Judith sembuh, namun Hamnet tiba-tiba jatuh sakit dengan rasa nyeri yang luar biasa. Dalam delusinya, Hamnet melihat dirinya di rumah kosong memanggil ibunya, sebelum akhirnya meninggal dunia dalam pelukan Agnes. Will pulang terlambat dan hancur hatinya saat melihat tubuh kaku putranya.
Kematian Hamnet mengguncang fondasi keluarga mereka. Agnes menyalahkan dirinya sendiri dan mengaku bahwa ia telah kehilangan kemampuan penglihatannya akan masa depan. Ketegangan memuncak ketika Will memutuskan untuk kembali ke London untuk bergabung dengan rombongan teaternya, keputusan yang membuat Agnes marah karena merasa Will melarikan diri dari duka. Di London, Will menyalurkan kesedihannya ke dalam sebuah naskah baru. Ia menjadi sutradara yang keras, memarahi aktor utama yang kurang menjiwai peran, dan sempat berniat bunuh diri di Sungai Thames sambil menggumamkan kalimat “To be, or not to be…”
Suatu hari, ibu tiri Agnes, Joan, datang membawa pamflet pertunjukan teater baru Will di London yang berjudul “The Tragedie of Hamlet”. Menyadari kemiripan nama itu, Agnes pergi ke London bersama Bartholomew. Di tengah kerumunan penonton, Agnes awalnya marah dan mengganggu pertunjukan, mengira Will mengeksploitasi kematian putra mereka. Namun, seiring berjalannya drama, Agnes menyadari bahwa karya itu adalah monumen cinta dan duka Will untuk Hamnet.
Di atas panggung, aktor yang memerankan Hamlet (sang anak) beradegan dengan Will yang berperan sebagai Hantu Ayah Hamlet. Ini adalah kebalikan dari kenyataan: di panggung, sang ayah mati dan anaknya hidup, memungkinkan Will untuk berbicara kepada “anaknya” sekali lagi. Agnes melihat betapa hancurnya Will saat berakting, seolah ia sedang benar-benar berinteraksi dengan roh putranya.
Saat drama berakhir dengan kematian Hamlet, penonton, termasuk Agnes, mengulurkan tangan dengan penuh emosi. Dalam pandangan Agnes, ia melihat visi Hamnet berdiri di panggung, menatapnya sejenak sebelum menghilang ke belakang panggung. Melihat “kehadiran” putranya yang diabadikan dalam karya suaminya, Agnes akhirnya menemukan kedamaian. Untuk pertama kalinya setelah sekian lama, ia tersenyum dan tertawa, menerima cara suaminya mengenang putra mereka yang telah tiada.
