Seorang pemuda terdampar tanpa ingatan. Namun setelah dirawat hingga pulih, masa lalunya kembali menghantuinya saat kemampuan membunuh yang ia miliki dibutuhkan untuk menghadapi seorang gembong mafia yang berkuasa.
Seorang narapidana nekat memberontak terhadap sipir penjara. Ia berhasil merebut pistol setelah membunuh salah satu sipir yang ada di depannya. Aksi tembak-menembak pun tak terhindarkan. Beberapa tahanan dan sipir tewas dalam baku tembak itu, hingga akhirnya si tahanan juga harus tumbang dalam duel senjata satu lawan satu.
Alasan di balik pemberontakan ini ternyata cukup mengejutkan: semua itu dilakukan hanya untuk membebaskan seorang tahanan mafia bernama Mister Lee, sosok ketua mafia dari jaringan para pembunuh sadis. Dengan dingin, Lee langsung menembak mati komandan polisi, lalu membebaskan para tahanan lain dan membekali mereka dengan senjata.
Lee bukan hanya kejam, tapi juga cerdas. Ia tahu polisi pasti sudah menunggu di luar. Benar saja, begitu keluar, barisan polisi sudah siap mengepung. Baku tembak pun kembali pecah. Puluhan polisi dan tahanan meregang nyawa, hingga akhirnya yang tersisa hidup hanyalah Lee. Dari sinilah film benar-benar dimulai.
Adegan berpindah ke seorang nelayan bernama Pak Romli. Saat sedang melaut, ia menemukan seorang pemuda tergeletak di pantai dalam kondisi mengenaskan. Pemuda itu kemudian dibawa ke rumah sakit dan dirawat oleh seorang dokter cantik bernama Ailin.
Karena tak menemukan identitasnya, Ailin memberinya nama Ishmael. Luka-lukanya parah: tusukan pisau, tembakan, bahkan peluru di kepalanya. Ia koma selama dua bulan, sebelum akhirnya sadar. Namun, peluru di kepala itu membuatnya kehilangan ingatan. Ia tak tahu siapa dirinya. Sejak saat itu, ia benar-benar hidup dengan identitas baru: Ishmael.
Kisah bergeser ke pertemuan mafia bernama Anto dengan anak buahnya, Bondi. Anto memutuskan hubungan bisnis dengan Mister Lee karena barang yang diberikan berkualitas buruk—senjata buatan China. Anto bahkan berencana membunuh Lee.
Namun rencananya gagal total. Lee datang dengan pasukannya. Dalam lift, Lee menyuruh Rika, tangan kanannya, untuk membantai semua anak buah Anto. Sementara di luar, seorang algojo bernama Besi melibas sisanya. Semua anak buah Anto tewas. Anto sendiri dibunuh Lee.
Yang tersisa hanya Bondi. Saat ditodong pistol, Bondi mengaku punya informasi penting: tentang seorang lelaki yang ditemukan sekarat di pantai, yang tak lain adalah Ishmael. Mendengar itu, Lee segera menyuruh Bondi mencari dan membawanya. Sebelum pergi, Lee menembak telinga Bondi hingga robek.
Bondi datang ke rumah sakit dan memaksa Ailin bicara soal pasien nelayan itu. Ailin gugup, tapi tetap mencoba menutupinya. Saat ia terpojok, Ishmael datang. Bondi menghantam kepala Ishmael dengan botol, memicu kemarahan Ishmael yang hampir saja membunuhnya.
Malam harinya, Ailin mengajak Ishmael ke Jakarta untuk mengeluarkan peluru di kepalanya. Namun, Ishmael menolak. Ia ingin lebih dulu mencari tahu siapa dirinya.
Keesokan hari, Ishmael hanya mengantar Ailin ke terminal. Tapi di perjalanan, bus yang ditumpangi Ailin dihentikan oleh Bondi bersama dua orang anak buah Lee: Tano dan Tejo. Mereka menembaki para penumpang dengan brutal, karena yakin Ishmael ada di sana.
Ternyata, salah satu dari mereka menyebut nama asli Ishmael: Abdi. Saat Ailin melihat seorang anak kecil hampir ditembak, ia berteriak bahwa Ishmael tidak ada di bus. Ailin sempat menelepon Ishmael minta tolong. Begitu Ishmael tiba, ia menemukan bus penuh mayat. Ia berkelahi dengan anak buah Lee, lalu bus itu dibakar. Ishmael nyaris tewas, tapi berhasil keluar meski Pak Romli terbunuh saat mencoba menolongnya. Polisi datang, lalu menangkap Ishmael.
Di kantor polisi, Ishmael diinterogasi. Dari sinilah sedikit demi sedikit terbuka: ia dulunya seorang mafia, anak buah Mister Lee. Tapi ingatannya belum sepenuhnya pulih. Tiba-tiba listrik mati. Seorang polisi ditusuk dari belakang, dan penyerang itu mengincar Ishmael dengan golok.
Meski terborgol, Ishmael melawan. Di luar ruangan, Tano dan Tejo sudah menunggu dengan senjata. Pertarungan brutal terjadi. Akhirnya, Ishmael berhasil menjatuhkan mereka. Dari ponsel Tejo, ia mendapat panggilan dari Lee yang memberinya lokasi markas besar: sebuah hutan dengan sumur tua.
Di sanalah ingatan Ishmael kembali. Ia teringat masa kecilnya: bersama anak-anak lain, ia dibesarkan di sumur tua itu. Mereka dibiarkan kelaparan, dipaksa saling bunuh hanya demi sebotol minuman. Yang bertahan hidup akan dijadikan anak angkat Mister Lee—robot pembunuh setia. Dari situlah lahir lima pentolan: Lee, Ishmael, Rika, Tano, dan Besi. Mereka sudah seperti saudara. Hingga akhirnya Ishmael berkhianat dan keluar dari dunia mafia.
Di hutan, Ishmael bertemu sahabat lamanya, Besi. Pertarungan sengit tak terhindarkan. Awalnya Ishmael hampir kalah, tapi akhirnya berhasil mengalahkan Besi, yang tewas di pesisir pantai.
Lalu giliran Rika yang menghadangnya. Sebenarnya Ishmael enggan melawannya, karena dulu mereka dekat. Tapi Rika memaksa. Dalam duel penuh emosi, Rika dengan mata tertutup menembaki Ishmael. Tak ada satupun peluru yang mengenai Ishmael. Namun karena refleks membela diri, secara tak sengaja pisau Ishmael menancap ke perut Rika. Ia tewas di pangkuan Ishmael.
Dengan penuh luka batin, Ishmael mendatangi markas Mister Lee. Sementara itu, Ailin dikejar anak buah Lee dan nyaris diperkosa, tapi ia berhasil membunuh penyerangnya.
Ishmael datang tepat waktu dan menembak habis anak buah Lee. Ailin sempat marah setelah tahu jati diri Ishmael, tapi akhirnya memaafkannya karena ia sudah bertobat.
Namun, Mister Lee muncul. Duel final pun terjadi. Pertarungan sengit itu membuat Ishmael hampir kalah. Tapi saat Lee mulai terdesak, ia kabur. Meski begitu, semua pasukan mafia akhirnya mati di tangan Ishmael.
Ishmael pun jatuh koma lagi. Di akhir cerita, Ailin menunggu di sisinya. Ketika akhirnya Ishmael membuka mata, ia berpesan satu hal: “Jangan ubah namaku. Biarkan aku tetap bernama Ishmael.”