Claire Redfield kecil terbangun saat dia melihat seorang anak perempuan misterius berkeliaran di ruangan tempat semua anak yatim piatu tidur. Claire membangunkan kakaknya Chris, tapi Chris menyuruhnya untuk mengabaikannya. Claire berjalan keluar dari tempat tidurnya ke ruangan tempat anak misterius tersebut. Saat Claire mencoba mendekatinya, dia dipergoki oleh ilmuwan William Birkin dan membawanya kembali ke kamarnya. Saat dia mencoba untuk kembali tidur, anak misterius itu muncul kembali dan meraih wajah Claire.
1998 – di sebuah jalan menuju Raccoon City
Claire terbangun dari tidurnya karena mimpi buruk. Kenangan masa kecil Claire dan kakaknya Chris Ketika masih di sebuah panti asuhan di Raccoon City kembali menghantui tidurnya. Saat ini Claire menumpang sebuah truk dalam perjalanan kembali ke Raccoon City. Dia bersama dengan seorang sopir truk dan anjingnya. Hujan deras mengguyur jalan sepanjang perjalanan mereka, hingga seorang wanita tiba-tiba muncul di tengah jalan dan truk menghantamnya dengan keras. Wanita itu tersangkut di moncong truk. Claire dan sopir truk itu segera turun dan memeriksa wanita tersebut. Saat Claire dan sopir truk itu panik, wanita itu ternyata bangun dan berjalan menuju hutan. Anjing milik sopir itu turun sempat menjilati sisa darah wanita tadi. Claire yang keheranan melihat ke dalam hutan dan melihat wanita itu menatap balik ke arah dari balik pepohonan.
Raccoon City dulu pernah berjaya di masanya, menjadi tempat beroperasinya Umbrella Corporation, sebuah perusahaan biofarmasi terbesar di dunia saat ini. Tapi sekarang Umbrella telah meninggalkan kota kecil ini, yang tersisa hanyalah sisa-sisa pabrik dan segelintir karyawan yang mencoba bertahan di sana.
Di sebuah penginapan di Raccoon City, Leon S. Kennedy bangun dan menuju restoran. Hari itu dia baru dipindah-tugaskan ke Raccoon City. Kebetulan di restoran tersebut sedang nongkrong 4 orang petugas Tim Alpha dari kepolisian Raccoon City yaitu Albert Wesker, Jill Valentine, Brad Vickers, dan Richard Susken. Kemudian datang lagi dua petugas lainnya – Kevin Dooley dan Enrico Merini, keduanya mengejek Leon yang menurut rumor dipindah karena menembak rekan sendiri saat latihan. Kedua petugas ini bergegas meninggalkan restoran untuk bertugas menyelidiki Mansion Spencer. Tak lama kemudian keempat anggota tim alpha juga meninggalkan restoran menuju markas polisi. Tinggal leon bersama pelayan restoran Louise. Leon yang melihat keanehan karena mata Louise mengeluarkan darah memintanya segera periksa ke dokter.
Truk telah tiba di Raccoon City dan Claire turun menuju ke rumah saudaranya, Chris. Anjing tadi berubah jadi aneh dan tiba-tiba menggingit tangan sopir hingga berdarah.
Claire sampai ke rumah saudaranya Chris, karena pintu terkunci Claire membobol kunci pintu untuk masuk rumah. Kemudian muncul Chris yang juga seorang polisi anggota tim alpha. Ternyata hubungan kedua saudara ini sedang tidak baik. Claire telah lama menghilang pergi dari Raccoon City. Claire bilang dia kembali untuk mencari pria bernama Ben Bertolucci yang telah melakukan kontak dengannya dan mengatakan bahwa Umbrella telah meracuni persediaan air kota. Chris tidak percaya dengan teori Claire dan meninggalkan rumah karena panggilan tugas.
Di rumah Birkin, putri William, Sherry bangun menjerit. Dia dan istrinya Annette masuk ke kamarnya untuk menghiburnya. William dihubungi seseorang melalui telpon dan memberitahu Annette dan Sherry bahwa mereka harus segera pergi. Tak lama kemudian Sirene darurat kemudian berbunyi di seluruh kota.
Setelah Chris pergi, Claire melihat tetangga wanita dan anaknya terlihat sakit-sakitan. Wanita itu kemudian menerobos melalui pintu kaca dan menyerang Claire, tapi Claire berhasil melarikan diri dan dia mengendarai sepeda motor Chris yang terparkir di depan rumah. Dia menggeber motornya sampai di sebuah perempatan. Mobil William hampir menabraknya. Claire mengenalinya sebagai pria yang mencoba menyingkirkannya saat masih di panti asuhan.
Di kantor polisi, kepala Brian Irons mengumpulkan tim Alpha sebagai tim utama kepolisian. Dooley dan Merini yang bertugas memeriksa Mansion Spencer tiba-tiba hilang kontak. Irons mengirim mereka untuk mencari dua polisi tersebut dengan menggunakan helikopter. Leon sang pemula dipaksa tinggal di meja depan kepolisan. Sementara itu, Wesker menerima pesan pada pager-nya untuk pergi ke lokernya. Di sana, dia menemukan tablet dengan pesan mengatakan kepadanya bahwa Raccoon City akan hancur besuk pukul 06.00 pagi dan Wesker mendapat sebuah tugas khusus.
Sopir truk sekarang telah terinfeksi setelah digigit anjingnya. Dalam kondisi terinfeksi dia membawa truk melaju kencang dan terguling kemudian meledak tepat di depan kantor polisi. Leon yang sedang berjaga tertidur dengan memakai headset sehingga tidak mendengar bunyi ledakan. Dalam kondisi terbakar sopir truk masuk mendekati Leon. Untunglah muncul Irons menembak sopir itu. Leon yang bangun sangat terkejut dan segera memadamkan api lalu mengunci gerbang depan kantor polisi. Kepala polisi tampaknya sudah tahu apa yang akan terjadi, dia segera berkemas untuk meninggalkan kota dengan mobilnya meninggalkan Leon sendirian berjaga di kantor polisi.
Dengan helikopter, anggota tim Alpha melacak jejak kedua polisi yang hilang. Akhirnya mereka menemukan mobil polisi dalam kondisi terbalik, ada bekas darah di sana. Vickers, pilot helicopter ditinggal dan yang lainnya mengikuti jejak. Sampailah mereka kesebuah Mansion besar, dan segera mereka masuk memeriksanya. Untuk mempercepat pencarian mereka berpencar menjadi dua tim Wesker Bersama jill dan Chris dengan Aiken.
Irons sang kepala polisi sampai di batas kota. Ternyata sepasukan bersenjata dari Umbrella telah mengepung kota untuk melarang warga meninggalkan kota. Tidak itu saja pasukan khusus tersebut bahkan menembaki warga ang nekat keluar. Irons berhasil lolos dari berondongan peluru dan segera memutar balik mobilnya kembali ke kantor polisi. Sampai di tempat parkir kepolisian, sekor anjing yang telah terinfeksi memburu Irons. Ketika dia terpojok dan peluru habis tiba-tiba muncul Claire menyelamatkannya dengan menghantam anjing itu dengan tabung pemadam sampai kepalanya hancur. Leon ikut muncul di sana dan mereka bertiga segera masuk kembali ke dalam kantor polisi. Di depan gerbang semakin banyak muncul orang-orang yang terinfeksi mencoba menerobos masuk.
Pukul 02.00
Di Mansion Spencer, Chris dan Aiken menemukan seorang pria yang terinfeksi menggigit ke leher Merini. Zombie itu menyerang dan terjatuh setelah diberondong peluru. Para zombie segera berdatangan dan menyerang mereka. Aiken akhirnya pun harus mati di kerubuti beberapa zombie. Chris terus mencoba bertahan untuk melawan mereka. Vickers yang sedang menunggu di helikopter diserang zombie yang memecahkan kaca. Di tempat lain, Jill dan Wesker masuk ke sebuah ruangan mirip ruang kerja. Dengan petunjuk tablet di tangannya, Wesker membuka kunci rahasia lewat nada piano. Sebuah pintu rahasia ke laboratorium bawah tanah terbuka. Sebuah cahaya terang terlihat dari kaca jendela. Jill segera menyadari bahaya dan menarik Wesker berlindung. Helikopter yang dikendarai Vicker menabrak kaca dan meledak. Beruntung Jill dan wesker berhasil selamat. Wesker kemudian jujur mengaku bahwa dia bekerja untuk Umbrella dan mendapat tugas untuk mencuri G-virus William dari laboratorium di mansion itu. Dia juga mengatakan bahwa waktu mereka hanya sampai pukul 06.00 pagi sebelum Raccoon City dimusnahkan. Wesker kemudian memilih meninggalkan Jill untuk menyelesaikan misinya.
Pukul 03.00
Di kantor polisi, Claire dan Leon pergi ke gudang senjata untuk mempersenjatai diri. Dari sana Leon turun ke ruang sel. Di sana ternyata ada Ben, teman Claire yang hilang. Ben dikurung bersama tahanan lain yang terlihat terinfeksi. Dengan cerdik Ben memperdaya Leon dan mengambil pistolnya. Dengan menodong Leon, dia memaksa untuk membuka pintu selnya. Tepat ketika pintu sel dibuka, Ben digigit oleh tahanan yang terinfeksi. Zombie itu kemudian menyerang Leon dan Claire kembali muncul sebagai penyelamat. Situasi bertambah buruk, pintu gerbang tidak mampu lagi menahan banyaknya zombie akhirnya ambruk. Puluhan zombie masuk menyerbu kantor polisi. Dengan susah payah ketiganya berhasil selamat keluar kantor polisi. Berdasarkan petunjuk Iron, masih ada jalan rahasia untuk keluar Raccoon City dan jalan itu tersembunyi di panti asuhan yang telah lama kosong.
Pukul 04.00
Ketiganya sampai di sana, tempat yang selalu menjadi mimpi buruk bagi Claire. Sesosok bayangan seperti mengintai dari atas, sampai mereka menemukan wanita berwujud aneh yang Claire lihat saat kecil, namanya Lisa Trevor. Mereka diserang oleh makhluk mengerikan yang terinfeksi dan bermutasi, “Licker”. Irons terbunuh, Claire dan Leon kesulitan melawan makluk itu. Tapi Lisa berhasil melompat ke Licker dan mematahkan lehernya hingga mati. Lisa kemudian memberikan Claire dan Leon kunci untuk pintu rahasia yang menuju ke mansion Spencer.
Pukul 04.23
Chris terus berjuang mengahabisi tiap zombie yang menyerangnya sampai akhirnya Jill datang membantunya. Dia menceritakan penghiatan Wesker dan mengajak Chris mengejarnya untuk menemukan jalan keluar. Claire dan Leon sampai di mansion lewat lift rahasia yang terhubung dengan panti asuhan. Di sana Claire menemukan rekaman anak-anak panti asuhan yang ternyata menjadi bahan eksperimen William. Claire begitu marah mengetahui fakta tersebut.
William bersama istri dan anaknya sudah berada di lab rahasia. Willliam mencoba mengamankan hasil eksperimennya, G-virus. Wesker tiba disana dan memerintahkan William untuk menyerahkan G-virus, tapi William malah meraih pistol saling tembak dengan Wesker. William pun sekarat. Istrinya, Annete juga mengambil pistol yang membuat Wesker terpaksa menembak tepat kepalanya di depan Sherry, putrinya. William yang sekarat masih sempat menyuntikkan G-Virus sebelum dia mati. Sherry mengambil pistolnya dan mengarahkan ke Wesker. Jill muncul dan menembak Wesker. Sebelum mati wesker memberitahu jill ada sebuah kereta di terowongan yang bisa membawa mereka keluar dari Raccoon City. Chris Dan Jill membawa Sherry keluar dari sana menuju kereta. William yang telah menyuntik dirinya dengan beberapa botol virus mulai bangun dan bermutasi. Chris memerintahkan Jill dan Sherry duluan dan dia mencoba menahan William yang telah bermutasi menjadi makluk mengerikan. Ternyata makluk itu sangat kuat dan Chris terpojok, Claire dan Leon datang tepat waktu. Dengan shotgun Claire menghabisi makhluk itu.
Pukul 05.55
Waktu segera habis, Claire dan Leon bergabung dengan Chris, Jill, dan Sherry segera menghidupkan kereta dan meninggalkan Raccoon City.
Pukul 05.59
Mansion di atas mereka mulai hancur, reruntuan berjatuhan menghujani kereta, memaksa kereta berhenti. Terdengar suara dari atap kereta. Ternyata William saat ini sudah berubah sepenuhnya menjadi monster besar yang mengerikan. Monster itu menjebol atap kereta, senjata api sudah tidak mempan terhadap monster itu. Saat mulai putus asa muncul Leon membawa Peluncur rocket dan, BUM, monster itu meledak bersama sebagian kereta. Sekali lagi mereka berhasil selamat.
Ledakan besar terjadi menghacur-leburkan seluruh Raccoon City. Tidak ada satupun warga yang lolos. Dari sisa-sisa reruntuhan muncul dari pintu terowongan mereka berlima Claire, Leon, Chris, Jill, dan Sherry berhasil selamat. Ya, kelima orang ini yang kemudian melanjutkan kisah perjalan panjang RESIDENT EVIL.
Credit scene: Wesker terbangun dari dalam kantong mayat. Dia bertemu seorang wanita bernama Ada Wong yang memberinya kacamata hitam dan menawarkan dia kesempatan untuk bekerja dengannya.
