Tak lama setelah penyerbuan pertama, Rama menyamar masuk ke kelompok kriminal Jakarta untuk menghancurkan sindikat sekaligus membongkar korupsi di tubuh kepolisian.
Di sebuah kebun jagung yang luas, dua mobil berhenti di depan seorang pria yang sedang menggali lubang besar. Dari dalam mobil, dua orang menarik keluar seorang pria dengan kepala ditutup karung. Saat karung dibuka, terungkaplah wajah Andi—babak belur penuh luka akibat siksaan.
Pria yang bertanggung jawab atas pertemuan gelap ini adalah Bejo, gangster baru yang sedang naik daun di Jakarta. Ia berbicara panjang soal ambisi, tentang bagaimana mantan bos Andi, Tama Riyadi, sudah tahu batasannya. Andi memohon ampun, namun Bejo dingin menutup kalimatnya, ambisi dan batasan selalu berulang. Tanpa ragu, Bejo menembak kepala Andi, lalu tubuhnya diseret masuk ke liang kubur.
Segera setelah peristiwa di apartemen Tama (film pertama), Rama, Bowo, dan Letnan Wahyu duduk bersama Bunawar, seorang perwira polisi dengan agendanya sendiri. Bowo segera dikirim ke rumah sakit, sementara Wahyu dieksekusi di tempat oleh anak buah Bunawar—meski Rama mencoba menghentikan.
Bunawar menjelaskan pada Rama, ia tahu kini Rama dan keluarganya dalam bahaya. Korupsi merajalela, dari polisi hingga sindikat kriminal besar: Bangun (Indonesia), Goto (Jepang), dan Reza, komisaris polisi korup. Bunawar menawarkan Rama untuk menjadi agen penyusup, demi menyingkirkan mereka semua.
Awalnya Rama menolak, tapi setelah pemakaman Andi, ia sadar satu-satunya cara untuk melindungi keluarganya adalah menerima tawaran itu.
Rama diminta mendekati Uco, anak dari Bangun. Caranya: Rama harus memukuli anak politisi yang punya masalah dengan Uco, hingga ia ditangkap dan dimasukkan ke penjara yang sama.
Di dalam penjara, Rama—menggunakan nama samaran Yuda—langsung diserang orang-orang Uco. Meski ia melawan mati-matian, ia tetap kewalahan. Beberapa waktu kemudian, saat hujan deras, Uco hampir dibunuh di halaman penjara. Rama menyelamatkannya, memicu kerusuhan besar di lapangan berlumpur. Pertarungan brutal itu membuat Uco berutang nyawa pada Rama.
Dua tahun berlalu, Rama akhirnya dibebaskan lebih cepat berkat pengaruh Uco. Ia dibawa menemui Bangun sendiri. Setelah pemeriksaan ketat, Rama diterima sebagai bagian dari keluarga Bangun. Ia diberi apartemen mewah, pakaian baru, dan sebuah janji: selama ia loyal, ia dianggap keluarga.
Rama semakin dekat dengan Uco. Bersama-sama, mereka turun ke jalan memungut “pajak” dari bisnis ilegal, termasuk sebuah industri porno bawah tanah. Di sana, Rama menunjukkan keahliannya saat pertarungan meletus. Uco semakin terkesan, sementara Bangun mempercayakan Rama untuk terus mengawasi anaknya.
Namun Uco haus kekuasaan. Ia merasa ayahnya terlalu lama mengekang. Saat mabuk di klub malam, ia melampiaskan kemarahannya pada para wanita penghibur. Dalam diam, ia mulai mendekat ke Bejo.
Bejo menyusun rencana: menciptakan perang antara keluarga Bangun dan Goto agar ia bisa menguasai sisa kekuatan. Sebagai “tanda persahabatan”, ia menyerahkan para mantan tahanan pada Uco untuk dieksekusi sendiri. Uco menuruti, meski sempat curiga melihat tato di tangan salah satu tahanan yang mirip dengan orang-orang Bejo.
Sementara itu, Prakoso, algojo setia Bangun, menjalankan misi pembunuhan. Meski tangguh, hidupnya menyedihkan: ia tunawisma, terasing dari anaknya, dan dibenci mantan istrinya.
Saat bertemu Uco di klub, Prakoso disergap anak buah Bejo. Pertarungan panjang dari lantai dansa hingga gang belakang berakhir tragis: meski membunuh banyak musuh, Prakoso akhirnya roboh dan tewas ditangan The Assassin, pembunuh bayaran Bejo.
Uco menyaksikan sendiri, sadar bahwa ia telah bersekongkol dengan Bejo untuk menyingkirkan orang kepercayaan ayahnya.
Bangun marah mengetahui Uco ikut campur urusan Jepang. Ia menghajar putranya sendiri hingga ditahan oleh Eka, tangan kanan setia Bangun. Tak lama, Bejo datang dengan Uco. Tangisan Uco berubah menjadi pengkhianatan: ia menembak mati ayahnya dengan emosional. Eka yang mencoba melawan juga ditembak, meski selamat dengan luka parah.
Rama datang terlambat, menemukan Bangun sudah mati dan Uco kini resmi berpihak pada Bejo. Rama melawan, tapi dikalahkan oleh The Assassin. Ia diculik, namun diselamatkan oleh Eka dalam sebuah pengejaran mobil menegangkan.
Sebelum mati kehabisan darah, Eka mengungkap bahwa ia sebenarnya juga polisi penyusup, sama seperti Rama.
Kabar kematian Bangun menyulut amarah keluarga Goto. Mereka menyatakan perang terhadap Bejo, Uco, Reza, dan seluruh jaringan mereka.
Rama, yang kini sendirian, tahu tidak ada jalan kembali. Ia berdoa: jika ia selamat, ia pulang ke keluarganya; jika mati, setidaknya mereka tetap aman.
Rama menyerbu markas Bejo, sebuah restoran mewah dengan gudang penuh anak buah. Ia bertarung tanpa henti, hingga akhirnya menghadapi duo mematikan: Hammer Girl dan Baseball Bat Man.
Di lorong, dalam pertarungan yang brutal, Hammer Girl tewas dan Baseball Bat Man menyusul. Di dapur restoran, Rama bertemu dengan The Assassin. Setelah duel panjang, brutal, dam penuh luka, Rama berhasil membunuh The Assassin.
Naik ke ruang makan, Rama mendapati Bejo, Reza, dan Uco sedang berunding. Ketegangan pecah: Uco akhirnya sadar bahwa Bejo-lah yang pernah mencoba membunuhnya di penjara. Dalam kemarahan, Uco menembak mati Reza, lalu Bejo.
Namun ambisi tetap membutakan Uco. Ia menodong Rama, ingin menghabisinya juga. Pertarungan singkat berakhir saat Rama menikam Uco hingga mati.
Bersimbah darah, Rama keluar dari restoran. Di luar, ia bertemu Keiichi, anak Goto, yang tampaknya menawarkan aliansi. Namun Rama hanya menggeleng lelah dan berkata, “Sudah… Selesai.”
