Pada awalnya, sebelum enam singularitas dan fajar penciptaan, para Celestial menciptakan matahari pertama. Kehidupan pun berkembang dan berjalan dalam keseimbangan. Tapi, makhluk predator mengerikan yang dikenal sebagai Deviant mulai merajalela. Pemimpin Celestial, Arishem, mengirim sekelompok manusia super abadi yang dikenal sebagai Eternals dari planet Olympia dengan pesawat mereka, Domo. Tujuan mereka adalah Bumi.
Para Eternal dipimpin oleh Ajak (Salma Hayek). Anggotanya adalah Ikaris (Richard Madden), Sersi (Gemma Chan), Thena (Angelina Jolie), Kingo (Kumail Nanjiani), Phastos (Brian Tyree Henry), Druig (Barry Keoghan), Sprite (Lia McHugh), Makkari (Lauren Ridloff), dan Gilgamesh (Don Lee). Para Eternal tiba di Mesopotamia pada tahun 5000 SM, saat Deviant menyerang manusia. Thena menggunakan tombaknya, Kingo menembakkan ledakan energi dari tangannya, Makkari menggunakan kecepatan supernya, dan Sprite mengeluarkan ilusi. Setelah mengalahkan para Deviant, Eternal memperkenalkan diri kepada manusia.
London masa kini. Sersi tergesa-gesa berangkat bekerja sebagai seorang guru. Dia sudah terlambat. Sesampainya di kelas, dia menemukan pacarnya Dane Whitman (Kit Harrington) menggantikannya mengajar. Tiba-tiba terjadi gempa bumi. Sersi menyuruh murid-muridnya berlindung. Dia sempat menggunakan kekuatannya untuk melindungi seorang murid yang hampir tertimpa benda yang jatuh dari dinding.
Malamnya, Sersi merayakan ulang tahun Dane bersama Sprite dan teman-temannya. Dia memberi Dane sebuah cincin keluarga yang dia simpan selama berabad-abad. Saat berjalan pulang, ketiganya diserang oleh Deviant yang bernama Kro. Sprite mengeluarkan kekuatan ilusinya untuk menyembunyikan diri, tapi ternyata Deviant dapat melihat mereka. Sersi dan Sprite bersiap melawan saat Ikaris muncul dan menembakkan mata lasernya. Sersi menggunakan kekuatannya untuk mengubah sebuah bus yang dalam bahaya menjadi kelopak-kelopak mawar. Para Eternal sempat melihat Kro mampu menyembuhkan dirinya sendiri sebelum dia melarikan diri.
Sersi berterus terang kepada Dane tentang dirinya sebagai seorang Eternal dan apa tujuan mereka berada di bumi. Dane bertanya kenapa mereka tidak pernah membantu saat ada perang besar atau ketika Thanos menyerang. Sersi menjelaskan bahwa mereka diperintahkan untuk tidak ikut campur dalam urusan umat manusia agar tidak menghambat perkembangan kehidupan manusia secara alamiah. Sersi juga memberi tahu Dane bahwa dia dan Ikaris pernah menjalin hubungan selama berabad-abad, tetapi selalu gagal. Sersi kemudian kembali ke apartemennya untuk berkumpul kembali dengan Sprite dan Ikaris. Mereka memutuskan mengumpulkan Ajak dan Eternal lainnya untuk melawan Kro.
Kilas balik ke 575 SM di Babilonia – Setelah pertempuran sengit melawan beberapa Deviant, Ajak berbicara dengan Arishem. Ajak mengungkapkan sedikit keberatan mengenai rencana besar Arishem karena berkaitan dengan orang-orang di Bumi. Arishem mengatakan padanya untuk tidak terikat pada mereka dan tetap pada rencana. Ajak kembali ke markas tempat Phastos sedang mengembangkan mesin uap untuk memenuhi kebutuhan umat manusia.
Para Eternal hidup berbaur dengan masyarakat. Sprite menggunakan kekuatannya untuk menghibur anak-anak melalui ilusinya. Sementara itu, perasaan Ikaris terhadap Sersi tumbuh seiring waktu. Dia menyatakan cintanya pada Sersi. Mereka pun akhirnya menikah di jaman Kerajaan Gupta, dihadiri oleh anggota Eternal lainnya.
Kembali di masa kini, Sersi, Sprite, dan Ikaris menuju ke South Dakota ke peternakan Ajak. Mereka terlambat. Ajak telah tewas dibunuh oleh Kro. Saat Sersi mendekati jasadnya, batu mistis keluar dari tubuh Ajak dan memasuki tubuh Sersi, yang berarti Ajak telah memilihnya sebagai penggantinya. Sersi sekilas melihat Arishem mengatakan bahwa waktunya sudah dekat sebelum dia tersadar oleh panggilan Sprite.
Flashback ke 1521 M di Tenochtitlan – Di tengah pertempuran sengit antara Spanyol dan suku Maya, Thena terjangkiti Mahd Wy’Ry, yang membuat dia tidak bisa mengendalikan dirinya. Dia menyerang rekan-rekannya dan hampir membunuh mereka. Mereka kemudian berhasil melumpuhkan Thena. Thena tersadar tanpa mengingat apa yang telah terjadi. Ajak mengusulkan agar mereka pergi ke Domo dan menggunakan sumber daya yang tersedia untuk membantu Thena. Makkari berpendapat bahwa Thena tidak akan bisa pulih seperti sedia kala.
Druig mempertanyakan kepemimpinan Ajak. Dia telah lama memendam amarah karena tidak diperbolehkan menggunakan kekuatannya untuk campur tangan membantu umat manusia. Akhirnya Ajak memutuskan, karena Deviants sudah dilenyapkan dan kebersamaan mereka akan menjadi berbahaya, maka mereka semua harus berpisah dan hidup berbaur di antara manusia. Gilgamesh setuju untuk menjaga Thena dan akan memastikan dia tidak melukai dirinya sendiri atau orang lain.
—-
Masa sekarang, di Mumbai – Sersi, Sprite, dan Ikaris menemui Kingo yang sekarang menjadi seorang superstar Bollywood terkenal. Ketiganya menyampaikan kabar kematian Ajak dan ancaman para Deviant. Karun, pelayan Kingo, mendukung Kingo bergabung dalam misi mereka untuk mengumpulkan yang lain. Karun pun ikut bergabung dengan mereka. Mereka melakukan perjalanan dengan jet pribadi Kingo ke Australia.
Di Australia, mereka menemui Thena dan Gilgamesh. Thena kembali terjangkit Mahd Wy’Ry dan hampir menyerang mereka. Gil dapat menenangkannya dengan bantuan Sprite. Mereka lalu makan bersama sambil mengobrol. Sersi memberi tahu Gilgamesh tentang beban barunya sebagai pemimpin, dan dia tidak tahu bagaimana cara menghubungi Arishem.
Setelah mengosongkan pikirannya, akhirnya Sersi dapat terhubung Arishem. Arishem mengatakan bahwa “Emergence” sedang berlangsung. Arishem juga menjelaskan tujuan sebenarnya dari Eternals. Mereka dikirim untuk mengawal kelahiran Celestial Tiamut. Kelahiran Celestial terjadi setiap beberapa milenium. Proses ini pernah terjadi di planet lain sebelumnya dan sekarang giliran Bumi. Telestial lahir membutuhkan energi dalam jumlah besar yang berbentuk peradaban cerdas. Para Deviant selalu menghambat kelahiran mereka dengan memangsa manusia. Tapi karena Eternal telah menyingkirkan para Deviant, Arishem mengatakan sekarang saatnya menggunakan seluruh kehidupan cerdas di Bumi untuk digunakan sebagai kelahiran Tiamut.
Sersi merasa ngeri dengan penjelasan Arishem. Namun Arishem mengatakan bahwa ini hanyalah siklus biasa yang selalu terjadi dalam penciptaan. Dia kemudian menjelaskan bahwa sebenarnya Olympia tidak pernah ada. Sersi dan para Eternal lainnya hanyalah produk dari World Forge. Mereka merupakan makhluk buatan yang diproduksi oleh Celestial. Sersi tidak dapat mengingat hal ini karena ingatan para Eternal direset ulang di setiap terjadinya Emergence.
Setiap planet yang ditanam benih Celestial akan selalu tumbuh predatornya masing-masing. Arishem menciptakan Deviants untuk memusnahkan para predator sehingga kehidupan cerdas dapat berkembang. Tapi dia kehilangan kendali atas Deviants dan mereka berevolusi menjadi predator itu sendiri. Dia lalu membuat Eternals dan memprogramnya tidak bisa berevolusi untuk memperbaiki kesalahannya.
Sersi menyampaikan penjelasan Areshim kepada yang lain. Mereka tercengang setelah mengetahui tujuan mereka yang sebenarnya. Mereka memutuskan untuk mencari cara menyelamatkan kehidupan di Bumi. Mereka berencana menemukan Druig dan melihat apakah dia dapat menggunakan kekuatannya untuk mengontrol pikiran Tiamut atau mungkin bisa menidurkannya seperti saat menidurkan Thena.
Para Eternal kemudian melakukan perjalanan ke Amazon di mana Druig tinggal di sebuah desa. Desa itu dihuni oleh orang-orang selama beberapa generasi dan dikendalikan oleh Druig. Druig tidak tertarik membantu misi mereka, karena dia muak setelah mengetahui tentang tujuan mereka dikirim ke bumi. Malamnya, Kingo berbicara dengan Sprite dan menyatakan bahwa dia tahu kalau Sprite jatuh cinta dengan Ikaris. Tapi Sprite tidak bisa melakukan apa-apa karena penampilannya yang seperti anak kecil. Saat Sersi berbicara dengan Ikaris, Kro dan Deviant lainnya menyerang desa. Eternals melawan mereka, tetapi Kro berhasil mengalahkan Gilgamesh dan menyerap energinya. Kro mendapatkan kemampuan untuk berjalan dengan dua kaki dan berbicara. Thena berada di sisi Gilgamesh saat dia meninggal. Eternal yang lain meratapi kematiannya. Akhirnya Druig setuju bergabung untuk menghormati Gil, namun dia sadar bahwa dia tidak akan mampu mengendalikan pikiran Celestial. Maka dari itu, mereka harus menemukan Phastos.
Flashback ke Agustus 1945, Hiroshima – Tepat setelah dijatuhkannya bom atom, Phastos berdiri di antara puing-puing. Dia menangis pada Ajak. Dia merasa menyesal telah membantu manusia berkembang dan memajukan teknologi mereka yang hanya digunakan untuk saling membunuh. Dia mulai kehilangan kepercayaan pada kemanusiaan.
Saat ini, Chicago – Phastos tinggal bersama pasangan gay-nya, Ben dan putra mereka Jack. Ikaris dan Sersi mendatangi rumah mereka. Jack mengenali Ikaris saat pertarungannya melawan Kro pernah ditampilkan di TV. Awalnya, Phastos tidak mau meninggalkan keluarganya untuk misi yang berbahaya, tetapi Ben menyuruhnya melakukannya demi masa depan mereka.
Para Eternal melakukan perjalanan ke Irak. Mereka menerbangkan kembali pesawat mereka, Domo. Mereka juga menemui Makkari yang tinggal bersama penduduk setempat. Phastos punya ide untuk menghubungkan kekuatan mereka bersama-sama melalui Uni-Mind. Dengan begitu, gabungan kekuatan mereka akan membuat Druig mampu mengendalikan pikiran Tiamut.
Enam hari sebelumnya, South Dakota – Ajak mengunjungi Ikaris untuk membicarakan Emergence yang akan terjadi seminggu lagi. Dia sudah mematuhi Arishem selama berjuta tahun, namun kali ini dia berubah pikiran. Dia melihat bagaimana Avengers telah berjuang mengembalikan separuh populasi yang dilenyapkan oleh Thanos. Juga melihat bagaimana manusia di bumi bahagia, tertawa, dan penuh kasih, sehingga dia menganggap siklus penciptaan Celestial kali ini tidak sepadan.
Ikaris membawa Ajak ke lokasi di dekat danau es tempat dia menemukan Deviant. Ternyata Ikaris tidak mau mengkhianati Arishem. Lalu dia melemparkan Ajak ke arah para Deviant. Kro menyerap energi Ajak dan mendapatkan kekuatannya. Ikaris lalu membawa mayat Ajak kembali ke rumahnya yang kemudian ditemukan oleh Sersi dan Sprite.
Phastos mengirim Makkari untuk menemukan sumber Emergence, yang ternyata merupakan sebuah gunung berapi aktif di Samudera Hindia. Ikaris akhirnya membuka jati dirinya. Dia mengungkapkan bahwa Ajak sudah memberitahu tentang Emergence saat mereka meninggalkan Babylonia. Eternal yang lain segera menyadari bahwa Ikarislah yang membunuh Ajak. Ikaris memperingatkan mereka agar tidak melanjutkan rencana menghentikan Emergence. Ikaris lalu meninggalkan Domo. Sprite bergabung dengannya karena cintanya padanya.
Kingo akhirnya juga meninggalkan tim karena takut dia akan terbunuh jika mereka harus melawan Arishem. Sersi pun mulai ragu, namun Thena meyakinkannya bahwa dia dipilih oleh Ajak untuk menggantikannya karena suatu alasan. Phastos kemudian mempunyai ide untuk memprogram ulang batu dalam diri Sersi yang bisa menghubungkannya dengan Arishem menjadi alat untuk menghubungkan mereka dalam Uni-Mind.
Para Eternal berkumpul di dekat gunung berapi. Ikaris yang sudah menunggu melihat Domo lalu terbang memasukinya. Dia hanya menemukan Thena yang kemudian terhubung dengan Uni-Mind. Ikaris terbang ke luar pesawat dan melihat Sersi, Makkari dan Druig sedang menggabungkan kekuatan dengan Uni-Mind. Ikaris menyerang Druig lalu menghancurkan Domo. Makkari menyerang Ikaris. Sersi memutuskan untuk menghadapi Celestial Tiamut sendirian dan menyuruh Phastos dan Thena membantu Makkari menyibukkan Ikaris. Saat pertarungan mereka, Kro muncul. Phastos berhasil menangkap Ikaris, sementara Thena menghadapi Kro. Thena kembali terjangkiti Mahd Wy’Ry dan Kro hampir menyerap kekuatannya. Namun di saat terakhir, dia sadar dan berhasil membelah Kro.
Sprite mencoba mempengaruhi Sersi dan berhasil menikamnya dari belakang. Dia kemudian mengungkapkan perasaannya yang tidak bisa seperti yang lain. Dia ingin menjadi manusia biasa yang bisa dewasa dan mencintai orang lain. Dia frustasi karena terkungkung dalam tubuh anak kecil selamanya. Druig tiba-tiba muncul dan memukul kepala Sprite dengan batu.
Celestial Tiamut mulai bangkit. Mereka segera menggabungkan kekuatan. Ikaris berhasil lepas dari belenggu Phatos. Dia pun terbang ke arah Sersi. Namun karena ingatan masa lalu mereka, Ikaris mengurungkan niatnya untuk menghentikan Sersi dan justru ikut menggabungkan kekuatan. Dengan gabungan kekuatan mereka, Sersi membekukan Tiamut dan merubahnya menjadi batu. Ikaris merasa sangat menyesal atas tindakannya dan memilih untuk menerbangkan dirinya sendiri menuju ke matahari. Setelah kejadian itu, Sersi memahami frustrasi Sprite. Dia menggunakan sisa kekuatan Uni-Mind untuk mengambil keabadian Sprite sehingga dia bisa menjalani kehidupan menjadi manusia normal.
The Eternals berpisah sekali lagi. Thena bergabung dengan Makkari dan Druig mengendarai Domo yang sudah diperbaiki oleh Phastos. Mereka berencana mencari Eternals lainnya. Phastos kembali ke keluarganya, Sprite hidup sebagai manusia, dan Kingo kembali ke pekerjaannya. Sersi kembali bersama Dane. Tiba-tiba, Arishem muncul di langit dan memanggil Sersi, Kingo, dan Phastos. Dia mengatakan kepada mereka bahwa dia tahu mereka telah mengagalkan Emergance, tetapi dia mengampuni mereka untuk saat ini. Dia akan melihat apakah manusia memang benar-benar layak untuk hidup dan akan kembali untuk menghakimi mereka. Lalu dia pun mebawa ketiganya dan menghilang.
Mid-credit Scene: Thena, Makkari, dan Druig dalam perjalanan menemukan Eternal lainnya. Mereka dikunjungi Eros/Starfox, saudara Thanos yang juga seorang Eternal. Dia akan membantu misi mereka.
Post-Credits Scene: Dane berada di rumah keluarganya membuka kotak Ebony Blade dan berniat menyentuhnya. Tiba-tiba terdengar sebuah suara yang menanyakan apakah dia benar-benar merasa sudah siap.
