Usai membongkar kasus terbesar dalam sejarah Zootopia, duo polisi anyar Judy Hopps dan Nick Wilde kembali terseret ke dalam jejak misteri yang berliku. Kedatangan Gary De’Snake sukses membuat kota metropolitan hewan itu gempar. Demi menuntaskan kasus ini, Judy dan Nick harus menyamar dan menelusuri sudut-sudut baru kota yang tak terduga—sebuah misi yang akan menguji kekompakan mereka habis-habisan.
Film dibuka tepat setelah Judy Hopps dan Nick Wilde berhasil menggagalkan rencana Dawn Bellwether, yang hampir menghancurkan Zootopia dengan menyebarkan ketakutan terhadap predator. Peristiwa itu menjadi titik balik besar dalam sejarah kota. Zootopia selamat, tetapi luka sosialnya masih terasa. Namun di tengah semua itu, satu hal jelas: Judy dan Nick kini menjadi simbol harapan.
Media menjuluki mereka “penyelamat kota”, duo polisi yang membuktikan bahwa predator dan mangsa tidak hanya bisa hidup berdampingan, tetapi juga bekerja sama. Mereka muncul di poster, wawancara televisi, dan pidato resmi pemerintah kota.
Zootopia kini memiliki wali kota baru, Brian Winddancer, seorang mantan aktor laga yang karismatik dan populer di mata publik. Dalam perayaan 100 tahun penemuan dinding pengatur cuaca, Winddancer mengundang Judy dan Nick sebagai tamu kehormatan. Dinding cuaca itu sendiri adalah teknologi revolusioner yang memungkinkan berbagai habitat—gurun, tundra, hutan hujan—berdiri berdampingan dalam satu kota raksasa, sehingga semua spesies dapat hidup sesuai kebutuhan alaminya.
Namun, di balik perayaan dan sorotan kamera, kehidupan sebagai polisi tetap berjalan keras. Di kantor ZPD, Chief Bogo membacakan pembagian tugas harian. Judy dan Nick, yang sudah terlalu percaya diri dengan reputasi mereka, bertindak sebelum menerima instruksi resmi. Mereka pergi ke pelabuhan untuk menangani Sootley, seekor trenggiling licik yang menjalankan jaringan penyelundupan lintas distrik.
Dengan menyamar sebagai pasangan orang tua yang membawa anak—menggunakan Finnick sebagai umpan—mereka berhasil menyusup ke markas Sootley. Namun kehadiran Bogo yang marah lewat radio komunikasi membuyarkan penyamaran mereka. Sootley melarikan diri, memicu kejar-kejaran brutal melintasi jalanan Zootopia.
Mobil melayang, bangunan rusak, dan patung bersejarah hancur. Polisi lain mencoba mengambil alih, tetapi Judy dan Nick terus mengejar dengan cara mereka sendiri. Akhirnya, Sootley berhasil ditangkap—namun dengan kerusakan besar dan sorotan publik yang negatif. Saat menggeledah mobilnya, Judy menemukan sisik ular—benda kecil yang tampak sepele, namun mengusik nalurinya sebagai penyidik.
Bogo murka. Ia menegaskan bahwa Judy dan Nick tidak kebal terhadap aturan, dan mengancam akan memisahkan mereka sebagai partner jika mereka terus bertindak semaunya. Ia memaksa mereka mengikuti program konseling “Partners in Crisis”, dipimpin oleh Dr. Fuzzby, terapis quokka yang ceria dan penuh empati.
Dalam sesi tersebut, Judy dan Nick mengakui bahwa mereka sering bertabrakan secara emosional—Judy terlalu idealis, Nick terlalu sinis—namun keduanya sepakat bahwa perbedaan itu justru membuat mereka kuat. Mereka menyebut diri mereka “tim impian”, tanpa menyadari bahwa konflik sebenarnya baru akan dimulai.
Malam itu, Judy tetap bekerja di apartemennya. Ia mendengar laporan berita tentang sebuah gala mewah keluarga Lynxley, keluarga elite yang selama satu abad dikenal sebagai “pendiri Zootopia”. Mereka memamerkan jurnal keluarga berisi paten asli dinding cuaca, yang konon baru ditemukan kembali setelah “serangan reptil”. Kata reptil langsung membuat Judy waspada.
Ia menonton video dari Nibbles Maplestick, seekor berang-berang yang dianggap penggila teori konspirasi. Nibbles memaparkan sejarah kelam keluarga Lynxley: tentang Ebenezer Lynxley, tentang reptil yang dituduh membunuh, dan tentang fakta bahwa tidak ada satu pun reptil yang tinggal di Zootopia selama lebih dari 100 tahun.
Judy merasakan ada kebohongan besar yang disembunyikan. Ia menghubungi Nick. Tanpa ragu, mereka sepakat untuk menyelidiki. Mereka menyusup ke gala dengan hati-hati. Di sana, Judy bertemu Pawbert Lynxley, anak bungsu yang diperlakukan seperti aib oleh ayahnya, Milton Lynxley. Pawbert hidup dalam bayang-bayang kakaknya, Cattrick dan Kitty, dan jelas menyimpan luka batin yang dalam.
Sementara itu, Nick menemukan sisik ular lain—dan melihat sosok berjubah yang bergerak mencurigakan. Kebenaran terungkap secara dramatis, sosok itu adalah Gary De’Snake, seekor ular pit viper. Kekacauan pecah. Gary mencoba melarikan diri sambil membawa Milton dan jurnal bersejarah itu. Judy dan Nick mengejar.
Saat Judy hampir menangkap Gary, Bogo muncul dan secara tidak sengaja terkena racun ular, membuatnya pingsan. Dalam kepanikan itu, Gary memohon pada Judy. Ia tidak meminta kebebasan—ia meminta keadilan. Jurnal itu adalah satu-satunya bukti bahwa kaum reptil pernah memiliki rumah di Zootopia.
Namun Nick, yang masih terjebak dalam pola pikir “ancaman harus dihentikan”, memukul Gary hingga pingsan.
Milton mencoba membunuh Gary untuk menghapus bukti. Judy dan Nick melarikan diri membawa jurnal, tetapi sejak saat itu, mereka dicap sebagai pengkhianat. Media memelintir cerita. Publik berbalik melawan mereka.
Wali Kota Winddancer, ditekan oleh Milton, mengerahkan Kapten Hoggbottom untuk memburu mereka tanpa kompromi.
Judy dan Nick berlindung di markas Mr. Big, di mana mereka ditawari kesempatan untuk kabur dan memulai hidup baru. Nick hampir menyerah—ia lelah, takut, dan tidak ingin kembali menjadi target kebencian. Namun Judy menolak menyerah. Ia percaya bahwa kebenaran harus diperjuangkan, meski seluruh kota menentangnya.
Mereka menuju Marsh Market, wilayah terisolasi tempat reptil dan makhluk semi-akuatik hidup dalam pengasingan. Di sana, mereka bertemu Jesús, basilisk tua yang mengungkap kebenaran pahit: keluarga Lynxley merebut tanah Reptile Ravine, menggusur penghuninya, lalu menghapus sejarah mereka.
Gary membawa jurnal ke jalur rahasia reptil. Judy hampir mati tenggelam, diselamatkan oleh Nick. Mereka bertengkar hebat. Pulpen wortel—simbol kemenangan masa lalu—jatuh dan hancur, melambangkan rusaknya kepercayaan mereka. Namun Judy tetap melanjutkan. Nick, meski ragu, mengikutinya.
Di puncak gunung, Judy menemukan arsip lama yang mengungkap kebenaran terbesar bahwa Zootopia bukan didirikan oleh Ebenezer Lynxley—melainkan oleh Agnes De’Snake, leluhur Gary. Agnes menginginkan kota inklusif. Ebenezer mengkhianatinya, membunuh pelayannya sendiri, memalsukan paten, dan mengusir reptil.
Saat kebenaran hampir terungkap, Pawbert mengkhianati mereka. Ia ingin menghancurkan paten demi pengakuan keluarganya. Judy diracuni. Nick ditangkap. Namun Nick bangkit. Ia kabur dari penjara bersama Nibbles. Mereka kembali tepat waktu. Di tepi jurang, Nick menyelamatkan Judy. Pawbert jatuh—tetapi selamat.
Pertempuran terakhir terjadi di rumah Agnes. Winddancer akhirnya memilih kebenaran, melawan keluarga Lynxley. Paten asli ditemukan. Reptil dipulihkan haknya. Zootopia berubah lagi—kali ini benar-benar.
Nick dan Judy lulus konseling. Gary bersatu kembali dengan keluarganya. Nick memberikan Judy pulpen wortel yang telah diperbaiki—berisi rekaman sederhana namun tulus: “Aku mencintaimu.”
Film ditutup dengan konser Gazelle. Bellwether kembali ke penjara. Judy mendengarkan ulang rekaman itu di apartemennya.
Saat malam sunyi, sebuah bulu jatuh di jendela Judy—pertanda bahwa dunia masih menyimpan misteri, dan petualangan mereka belum benar-benar berakhir.
