Akhir Perang Dunia Kedua pada tahun 1945, terlihat seorang pilot Jepang bernama Shikishima memutuskan untuk mendaratkan pesawatnya di Pulau Odo karena mesin pesawatnya bermasalah. Padahal, Shikishima sendiri kabur dari pertempuran karena ketakutan. Setelah itu, Shikishima bertemu dengan seorang teknisi dari Angkatan Laut Jepang bernama Tachibana yang membantunya memperbaiki pesawatnya.
Malamnya, saat semua berkumpul, alarm darurat tiba-tiba menyala, membuat mereka semua terkejut. Mereka menganggap pasukan Amerika datang untuk menyerbu mereka, tapi ternyata, itu adalah Godzilla.
Kedatangan Godzilla membuat semua pasukan ketakutan, dan mereka segera berlindung. Saat Godzilla mulai mendekat, Tachibana meminta Shikishima untuk menggunakan senjata yang ada di pesawatnya untuk menghabisi Godzilla, karena hanya Shikishima yang mampu mengendalikan pesawat tersebut. Namun, sayangnya, saat sampai di pesawat, Shikishima malah diam dan membeku ketakutan, sehingga para pasukan langsung menembaki Godzilla. Godzilla menjadi marah.
Keesokan harinya, Tachibana sangat marah kepada Shikishima. Hanya mereka berdua yang berhasil selamat dari serangan semalam. Setelah itu, mereka berhasil pulang, namun Tachibana sempat memberikan sebuah amplop misterius.
Desember 1945, Shikishima akhirnya sampai di kampung halamannya di Tokyo. Namun, di sana sudah rata dengan tanah akibat serangan udara Amerika. Tak lama kemudian, tetangga Shikishima bernama Sumiko memberikan info bahwa kedua orang tua dan anak Shikishima sudah tewas akibat serangan udara.
Saat di pasar, Shikishima berusaha menghentikan seorang gadis yang dianggap sebagai pencuri bernama Noriko. Tapi Noriko malah memberikan sebuah bungkusan yang ia bawa kepada Shikishima, yang ternyata berisi seorang bayi, membuat dirinya kebingungan. Setelah beberapa saat, Shikishima bertemu dengan Noriko kembali, dan ia pun segera memberikan bayinya kepada Noriko. Tapi saat pulang, Noriko terus mengikutinya, yang membuat Shikishima kesal, dan segera menyuruhnya pergi.
Noriko kemudian mengatakan bahwa bayi tersebut bukanlah anaknya, melainkan ia menemukan bayi tersebut saat berusaha mencari kedua orang tuanya yang sudah tewas. Mendengar cerita Noriko membuat Shikishima tak ada pilihan lain, sehingga ia memperbolehkan mereka berdua tinggal di rumahnya.
Maret 1946, Shikishima terus merawat Noriko dan juga bayinya yang diberi nama Akiko, Meskipun mereka tak memiliki hubungan apa-apa. Kali ini, Shikishima baru saja mendapatkan pekerjaan baru, meskipun upahnya tidak terlalu besar.
Shikisima bekerja sebagai pembersih ranjau yang ada di lautan. Di sana, Shikisima memiliki dua teman, Akitsu yang merupakan kapten kapal, dan Noda yang merupakan insinyur senjata Angkatan Laut. Mereka pergi ke tengah laut untuk melakukan tugas mereka.
Beberapa tahun kemudian, Shikisima dan Noriko semakin dekat. Akiko tumbuh besar dan menganggap mereka berdua sebagai orang tua kandungnya. Meskipun begitu, Shikisima berharap untuk menjalin hubungan keluarga bersama Noriko, namun ia masih belum mengatakannya. Hingga akhirnya, Noriko sadar bahwa ia disukai oleh Shikisima, sehingga ia memutuskan untuk hidup mandiri agar tidak terus bergantung pada Shikisima.
Mei tahun 1947, Shikisima dan teman-temannya pergi ke sebuah pulau setelah mendapatkan pesan tentang kapal yang hancur. Namun, saat mereka sampai dan berusaha mendekat, mereka menyadari bahwa hancurnya kapal bukanlah hasil dari senjata Amerika, melainkan sesuatu yang sangat mengerikan dengan ukuran yang sangat besar, membuat Shikisima yakin bahwa itu adalah ulah Godzilla.
Tak lama kemudian, ikan tiba-tiba naik ke permukaan, menandakan kemunculan Godzilla. Shikisima bersama teman-temannya bergegas pergi dan menjatuhkan ranjau untuk mengusir Godzilla. Namun, ranjau itu tidak berpengaruh pada Godzilla, bahkan tembakan dari Shikisima tidak menghasilkan efek apa pun.
Noda kemudian berencana untuk mengarahkan ranjaunya ke mulut Godzilla. Rencana Noda ternyata berhasil. Namun tidak lama kemudian, Godzilla meregenerasi tubuhnya dengan sangat cepat, membuatnya bangkit kembali. Kapal penyelamat tiba dan menembaki Godzilla, tetapi malah membuat Godzilla marah, menyerang kapal penyelamat, sehingga hanya kapal Shikisima dan teman-temannya yang berhasil selamat.
Setelah itu, Shikisima tersadar di rumah sakit dan sangat ingin teman-temannya mengumumkan adanya serangan Godzilla agar masyarakat bisa segera mencari tempat perlindungan sebelum Godzilla datang ke kota. Namun, Noda menahannya karena pemerintah juga tidak mau bertanggung jawab jika kabar itu menimbulkan kepanikan. Sementara itu, patroli laut melihat Godzilla sedang menuju kota.
Kejadian itu pun segera mereka laporkan ke kantor pusat, sehingga kabar munculnya Godzilla tersebar. Akibat pemberitahuan itu, masyarakat benar-benar dibuat sangat panik. Tidak butuh waktu lama, Godzilla akhirnya sampai di kota.
Noriko, yang sedang dalam perjalanan pulang, terkejut melihat keberadaan Godzilla. Godzilla mengamuk dan menghancurkan seisi kota. Untungnya, Noriko berhasil selamat dengan melompat ke danau. Shikisima berhasil menemukan Noriko dan bergegas membawanya pergi dari sana.
Para tentara berusaha menghabisi Godzilla. Godzilla mengeluarkan semburan yang membuat kota hancur lebur. Akibat semburan itu, Noriko tewas karena mengorbankan dirinya demi Shikisima. Perginya Noriko tidak hanya membuat Shikisima sedih, tapi juga Akiko yang sangat kehilangan Noriko yang dianggapnya sebagai ibunya sendiri.
Keesokan harinya, Shikisima menghadiri acara yang akan membahas strategi untuk mengalahkan Godzilla. Pertemuan itu dipimpin oleh seorang kapten kapal penghancur negara Jepang bernama Hotta. Hotta mengumpulkan mereka semua untuk meminta bantuan menghabisi Godzilla dengan kekuatan warga sipil dan empat kapal penghancur yang mereka miliki saat ini.
Keadaan sempat rusuh karena mereka ragu jika rencana Hotta akan berhasil. Noda kemudian menyarankan strategi yang lebih baik dengan menggunakan freon yang akan menenggelamkan Godzilla. Ternyata, strategi Noda dipakai karena banyak warga yang setuju dengan rencananya.
Malamnya, Shikisima dan kawan-kawan membahas rencana tersebut. Shikisima juga menginginkan pesawat untuk mengalahkan Godzilla agar bisa dengan mudah mengalahkannya. Keesokan harinya, Shikisima diberi pesawat tempur sesuai permintaannya, namun ada beberapa bagian yang harus diperbaiki oleh seorang teknisi yang berpengalaman.
Shikisima pun seketika teringat dengan Tachibana. Setelah beberapa hari mencari, Tachibana akhirnya muncul dengan sendirinya setelah Shikisima mengirim surat palsu yang pada akhirnya Tachibana mau memperbaiki pesawatnya, meskipun ada ketegangan di antara mereka berdua.
Pada suatu malam, Noda dan para warga lainnya kembali membahas Godzilla yang diperkirakan akan muncul di sebuah palung bernama Sagami. Esok hari, Noda juga memperingatkan mereka untuk segera siap-siap sebelum Godzilla sampai di sana.
Pesawat tempur sudah berhasil diperbaiki, Tachibana juga menambahkan beberapa senjata di pesawat tersebut. Keesokan harinya, para pasukan pun akhirnya bersiap-siap, namun tiba-tiba Godzilla datang dan menghancurkan satu kapal. Sementara itu, Shikisima mulai bergerak ke lokasi munculnya Godzilla. Setelah itu, kapal penghancur segera dikirim dan berusaha mencari celah untuk memasang selang freon untuk menenggelamkan Godzilla.
Namun, ternyata Godzilla sudah bersiap-siap melakukan serangan kepada warga daratan. Saat itu juga, Shikisima pun datang dan mengalihkan perhatian Godzilla untuk pergi ke pulau tujuan, karena pasukan penghancur sudah menunggu di sana. Beberapa waktu kemudian, semua kapal mulai berpencar untuk menjalankan strateginya. Namun, tiba-tiba Godzilla sudah sampai di sana dan segera menghancurkan kapal-kapal tersebut dengan semburan panasnya.
Sebagian orang mulai takut dan berniat untuk pergi, namun Noda mencoba meyakinkan mereka semua untuk terus maju, karena ia tahu bahwa Godzilla memerlukan waktu untuk menggunakan semburan panasnya kembali. Kata-kata Noda membuat semua orang yakin, dan Kapten Hotta memerintahkan pasukannya untuk segera menyerang Godzilla. Satu persatu tabung mulai dijatuhkan, sedangkan Shikisima sendiri masih sibuk mengalihkan perhatian Godzilla.
Tak lama kemudian, selang sudah terpasang di tubuh Godzilla. Namun, saat Godzilla akan menyemburkan semburan panasnya, selang sudah mengitari Godzilla dan membuatnya tenggelam di kedalaman 1,5 meter. Semua orang senang dengan kekalahan Godzilla, namun tiba-tiba Godzilla masih terus berusaha melawan. Hotta juga mempunyai rencana lainnya untuk terus menenggelamkan Godzilla di kedalaman yang sangat dalam. Noda kemudian meminta rencana lainnya dengan menarik Godzilla ke dalam laut secepat mungkin, berharap Godzilla tewas.
Kapten Hotta kemudian segera menarik Godzilla secara paksa menggunakan kapalnya. Namun, semua itu sia-sia karena kekuatan Godzilla jauh lebih besar. Namun, kemudian Ziro datang dengan membawa banyak kapal untuk membantu mereka menarik Godzilla dari permukaan.
Shikisima berhasil menghentikan Godzilla menyemburkan semburan panasnya dengan menabrakkan pesawatnya ke arah mulut Godzilla, membuat Godzilla hancur karena serangannya sendiri. Sedangkan Shikisima sendiri berhasil keluar dari pesawat menggunakan parasut. Terlihat semua orang di sana sangat senang karena berhasil mengalahkan Godzilla dengan tubuhnya yang sudah hancur akibat sinarnya sendiri yang gagal disemburkan.
Setelah itu, mereka pun pulang dan disambut bak pahlawan oleh masyarakat Jepang. Shikisima juga mendapat sebuah surat yang ternyata Noriko masih hidup dan sekarang dirawat di rumah sakit.
Sementara itu di tempat lain, Godzilla ternyata masih hidup dan meregenerasi tubuhnya.
