Seusai Perang Vietnam, sekelompok ilmuwan menjelajahi sebuah pulau tak terpetakan di Pasifik. Mereka memasuki wilayah kekuasaan Kong yang perkasa dan harus berjuang untuk bisa lolos dari surga primitif tersebut.
Tahun 1944
Di atas Pasifik Selatan, dua pesawat tempur terlibat dalam duel sengit. Seorang pilot Amerika, Letnan Hank Marlow, dan seorang pilot Jepang, Gunpei Ikari, sama-sama mendarat dengan parasut di sebuah pulau asing setelah pesawat mereka jatuh. Pertarungan mereka berlanjut di darat, dari hutan lebat hingga ke tepi jurang. Saat Ikari nyaris mengakhiri nyawa Marlow dengan pedangnya, sebuah tangan raksasa yang tak terbayangkan ukurannya muncul dari atas. Kedua tentara itu membeku ketakutan saat sosok kera kolosal bangkit di hadapan mereka. Itulah Kong.
Tahun 1973
Di Washington D.C., pejabat pemerintah Bill Randa dan ahli geologi Houston Brooks dari organisasi Monarch berhasil meyakinkan Senator Willis untuk mendanai sebuah ekspedisi ke lokasi yang baru ditemukan melalui satelit: Skull Island. Sebagai bagian dari persetujuan, sebuah eskort militer pun ditugaskan untuk misi tersebut.
Di Vietnam, Skuadron Sky Devils pimpinan Kolonel Preston Packard baru saja akan merayakan hari terakhir tugas mereka. Namun, perintah baru datang. Packard dengan antusias menerima misi pengawalan ke pulau misterius itu, membawa serta orang-orang kepercayaannya, termasuk tangan kanannya, Jack Chapman.
Untuk memandu mereka, Randa dan Brooks merekrut James Conrad, seorang mantan Kapten SAS Inggris yang ahli sebagai pelacak. Conrad, dengan keahliannya, langsung mengidentifikasi risiko fatal dari misi tersebut—dari cuaca ekstrem hingga predator tak dikenal—dan menegosiasikan bayaran yang jauh lebih tinggi. Turut bergabung pula seorang fotografer anti-perang, Mason Weaver, yang menyimpan kecurigaan mendalam terhadap misi ini, terutama pada keterlibatan militer yang masif. Bersama tim ilmuwan dari Landsat, mereka semua berkumpul untuk perjalanan sekali seumur hidup.
Armada helikopter menembus badai petir abadi yang mengelilingi pulau. Begitu berhasil melewatinya, mereka terbang di atas pemandangan alam yang liar dan tak tersentuh. Atas perintah Randa, para prajurit mulai menjatuhkan bom seismik untuk memetakan struktur bawah tanah pulau. Ledakan-ledakan itu mengguncang daratan.
Respons datang seketika dan brutal. Sebatang pohon kelapa raksasa melesat seperti tombak, menembus salah satu helikopter. Dari balik pegunungan, Kong muncul dengan amarah yang meluap. Ia meremukkan helikopter satu per satu, menghantamkannya ke tanah, dan membantingnya seperti mainan. Dalam hitungan menit, seluruh armada hancur lebur. Para penyintas terpencar di berbagai penjuru pulau. Di tengah puing-puing yang terbakar, Packard menatap tajam ke arah Kong, sebuah tatapan penuh dendam yang dibalas oleh sang kera raksasa.
Di bawah todongan senjata Packard, Randa akhirnya terpaksa mengungkapkan kebenaran: ekspedisi ini adalah misi rahasia dari organisasinya, Monarch, untuk membuktikan keberadaan monster purba yang ia yakini hidup di perut bumi.
Para penyintas terbagi menjadi dua kelompok. Kelompok Packard, yang terdiri dari para prajurit, bergerak untuk mencari Chapman dan persenjataannya yang hilang. Perjalanan mereka dihentikan oleh seekor laba-laba raksasa yang menyerang dari atas kanopi hutan, membungkus dan menarik para prajurit dengan jaringnya sebelum akhirnya berhasil mereka bunuh.
Sementara itu, Chapman yang terisolasi menyaksikan Kong merawat lukanya di sungai. Seekor gurita raksasa muncul dari kedalaman, namun dengan mudah dilumpuhkan dan disantap oleh Kong. Tak lama setelah itu, saat Chapman beristirahat di atas sebuah batang kayu, ia menyadari batang itu adalah makhluk hidup. Saat ia mencoba lari, seekor predator reptil buas—Skull Crawler—muncul dari dalam tanah dan membunuhnya.
Kelompok Conrad, yang terdiri dari Weaver dan para ilmuwan, disudutkan oleh suku pribumi Iwi yang diam. Namun, mereka diselamatkan oleh kemunculan Hank Marlow yang kini telah menua. Melalui Marlow, mereka mempelajari sejarah kelam pulau itu. Kong adalah dewa dan pelindung suku Iwi, penjaga terakhir dari spesiesnya yang bertugas menahan para Skull Crawler—makhluk buas dari bawah tanah yang telah membantai leluhur Kong. Ledakan bom seismik telah membangunkan mereka dari tidur panjangnya.
Kelompok itu merumuskan rencana untuk mencapai titik penjemputan di sisi utara pulau. Marlow, dengan pengalamannya, menunjukkan bahwa rencana itu mustahil dilakukan dengan berjalan kaki dan setuju untuk memandu mereka melalui sungai dengan perahu yang ia bangun dari sisa-sisa pesawat. Setelah mengucapkan selamat tinggal pada suku Iwi, mereka memulai perjalanan. Namun, bahaya kembali mengintai saat sekawanan burung karnivora raksasa menyambar dan mencabik-cabik salah seorang ilmuwan di udara.
Di sepanjang sungai, Weaver melihat seekor kerbau air raksasa yang terperangkap di bawah puing helikopter. Saat ia mencoba menolong, Kong muncul. Dengan lembut, ia mengangkat puing itu, membebaskan sang kerbau. Kong dan Weaver berbagi tatapan singkat, sebuah momen di mana Weaver melihat lebih dari sekadar monster.
Marlow memandu mereka melewati “Zona Terlarang”—sebuah lembah yang dipenuhi tulang-belulang raksasa dari leluhur Kong, sisa-sisa perang kuno melawan para Skull Crawler. Di sanalah kedua kelompok penyintas bertemu kembali. Namun, reuni mereka diganggu oleh serangan Skull Crawler. Randa ditelan utuh, dan pertempuran sengit pun terjadi. Marlow menggunakan pedang peninggalan Gunpei Ikari untuk melawan, sementara Weaver dengan cerdik meledakkan salah satu monster dengan memanfaatkan gas yang mudah terbakar dari celah tanah.
Setelah pertempuran usai, Conrad menunjukkan kalung pengenal milik Chapman kepada Packard, mengonfirmasi kematian prajuritnya. Namun, Packard tetap pada tujuannya: bukan lagi penyelamatan, melainkan pembalasan. Ia bertekad untuk membunuh Kong.
Malamnya, Packard memasang perangkap maut dengan puluhan drum bahan bakar. Sementara itu, Conrad dan Weaver menemukan Kong sedang beristirahat. Weaver mendekatinya dengan hati-hati dan menyentuh wajahnya, sebuah interaksi damai yang terputus oleh ledakan. Packard memancing Kong ke dalam danau dan menyulut bahan bakar, membakar tubuh sang kera raksasa. Kong yang mengamuk dan terbakar berhasil pingsan setelah menerima serangan bertubi-tubi.
Saat Packard bersiap meledakkan Kong, para prajurit lainnya, yang diyakinkan oleh Conrad dan Weaver, berbalik menentangnya. Tepat pada saat itu, Skull Crawler terbesar dan paling ganas muncul dari dalam tanah. Packard, dalam obsesi butanya, tetap tinggal untuk menekan detonator, namun Kong yang tersadar lebih dulu menghancurkannya di bawah kepalan tangannya.
Para penyintas berlari menuju pantai sementara Skull Crawler raksasa mengejar mereka. Seorang prajurit mengorbankan diri dalam upaya sia-sia untuk meledakkannya. Tepat saat monster itu akan menerkam mereka, Kong kembali dan menghantamnya dengan kekuatan penuh. Pertarungan klimaks antara dua predator alfa pun dimulai. Kong, meski terluka parah, berhasil merobek isi perut lawannya dan meraih kemenangan. Dengan lembut, ia meletakkan Weaver yang tak sadarkan diri di dekat Conrad sebelum kembali mengawasi wilayahnya.
Tak lama kemudian, helikopter penyelamat tiba. Mereka yang selamat, Conrad, Weaver, Marlow, Brooks, dan beberapa prajurit—akhirnya meninggalkan pulau itu. Dari kejauhan, mereka melihat siluet Kong, sang raja yang sendirian menjaga kerajaannya.
Mid credits scene: Marlow akhirnya pulang ke Chicago, bersatu kembali dengan istrinya setelah 28 tahun dan bertemu dengan putranya untuk pertama kali, sambil menonton pertandingan bisbol bersama.
Ending credits scene: Conrad dan Weaver ditahan di sebuah ruang interogasi Monarch. Brooks dan Lin masuk, mengungkapkan bahwa Kong bukanlah satu-satunya monster. Mereka membuka arsip rahasia, menampilkan gambar-gambar gua yang berisi ukiran monster purba lainnya: Mothra, Rodan, King Ghidorah, dan yang paling utama, Godzilla.
