Seorang wanita muda Amerika Serikat dikirim ke Roma untuk menjadi pelayan gereja. Disana, ia menemukan hal-hal mengerikan yang membuat imannya goyah. Ternyata ada konspirasi jahat yang sedang direncanakan, yaitu melahirkan sosok iblis ke dunia!
Pada tahun 1971, Pastor Brennan mengunjungi sebuah gereja yang sedang dibangun. Dia masuk ke ruang pengakuan dosa dan berbicara kepada Pastor Harris, menunjukkan foto bayi dan tiga anggota gereja. Di belakang foto tertulis nama “Scianna.” Harris tercengang melihat foto itu dan enggan menjawab pertanyaan yang diajukan oleh Pastor Brennan.
Harris menjelaskan bahwa Gereja pernah terlibat dalam upacara keagamaan di mana seorang wanita Katolik dipaksa untuk berzina dengan iblis. Bayi dalam foto tersebut adalah hasil dari upacara mengerikan itu. Harris kemudian melarikan diri, dikejar oleh Brennan. Sebuah tiang jatuh dari lokasi konstruksi, menghancurkan jendela kaca dan membelah bagian belakang kepala Pastor Harris.
Beralih ke Roma, Kardinal Lawrence bertemu dengan seorang calon biarawati asal Amerika bernama Margaret. Lawrence membantu Margaret yang yatim piatu, mengatasi halusinasi yang dialaminya dari kecil. Sejak itu, ia menjadi mentor bagi Margaret. Lawrence mengundang Margaret ke Roma agar dia bisa menyelesaikan pelatihannya dan mengambil sumpah menjadi biarawati.
Dalam perjalanan, mereka melihat para demonstran. Lawrence menjelaskan bahwa sebagian besar aksi protes dipimpin oleh para ateis muda yang membenci otoritas (termasuk Gereja). Ia berharap orang-orang beriman seperti Margaret dapat membawa kaum muda kembali ke Gereja.
Lawrence membawa Margaret ke sebuah biara yang dikelola oleh Suster Silva. Suster Silva menjelaskan bahwa biaranya menampung anak yatim dan juga membantu ibu hamil di luar nikah. Margaret bertemu dengan seorang gadis remaja bernama Carlita yang dikucilkan karena perilakunya yang buruk. Keduanya menjadi akrab saat Margaret menyadari bahwa Carlita juga mengalami masalah serupa dengan yang dia alami.
Margaret tinggal bersama seorang calon biarawati lainnya bernama Luz. Luz sering menyelinap keluar di malam hari, mengenakan pakaian seksi dan berpesta di klub malam. Margaret kemudian mengetahui bahwa Silva mengunci Carlita di ruangan pengap ketika Carlita bertingkah buruk. Margaret sendiri pernah mengalami kejadian serupa.
Suatu malam, Luz mengajak Margaret untuk menyelinap ke klub terdekat. Margaret yang dibesarkan di Gereja tidak pernah memiliki kesempatan seperti ini. Seorang pria bernama Paolo membelikannya minuman. Dalam keadaan mabuk, ia menari dengan Paolo di lantai dansa. Margaret bermesraan dengan Paolo sebelum akhirnya tak sadarkan diri.
Margaret terbangun dalam keadaan mabuk berat di kamarnya keesokan paginya. Ia tak ingat apa yang terjadi semalam. Luz mengatakan bahwa dia yang membawanya pulang.
Hari itu, Margaret menyaksikan seorang wanita melahirkan. Ia sangat ngeri saat melihat tangan iblis muncul dari bagian intim wanita tersebut. Ketakutan oleh halusinasi yang tampak jelas itu, Margaret melarikan diri dari biara.
Saat mencoba menenangkan diri, Margaret didekati oleh Pastor Brennan. Dia bahwa dia membutuhkan bantuan Margaret melacak Scianna dari foto yang ia perlihatkan. Brennan menjelaskan bahwa Scianna tinggal di biara dan berada dalam bahaya besar. Dia dilarang memasuki biara, tetapi percaya Margaret dapat membantunya karena Margaret masih baru. Margaret menolak, tetapi Brennan memberikan alamatnya kalau-kalau ia berubah pikiran.
Keesokan harinya, Margaret melihat biarawati aneh yang menunjukkan gambar wanita hamil kepada Carlita. Merasa perilaku seperti itu tidak pantas, dia memaksa biarawati itu untuk meninggalkan Carlita. Sang biarawati pergi, tetapi kemudian muncul basah kuyup oleh bensin dengan tali di lehernya di balkon lantai atas. Biarawati itu membakar dirinya dan melompat dari balkon untuk gantung diri.
Semua kejadian itu membuat Margaret memutuskan untuk menemui Brennan. Brennan menjelaskan bahwa ada dua kubu utama di dalam Gereja, mereka yang memiliki iman sejati dan ingin mengikuti jalan Tuhan, dan mereka yang hanya ingin mempertahankan kekuasaan Gereja. Kelompok kedua memutuskan untuk mengambil tindakan ekstrem demi mendapatkan kembali kekuasaan gereja.
Brennan telah dikucilkan karena menentang mereka. Ia menggambarkan ritual yang diceritakan oleh Pastor Harris kepadanya dan menjelaskan bahwa Gereja melakukan ritual tersebut untuk menghasilkan anak yang lahir dari iblis. Foto Scianna adalah foto anak Setan. Keduanya sepakat bahwa Carlita kemungkinan adalah Scianna.
Brennan memberi tahu bahwa Gereja berencana melakukan ritual lain di mana Iblis akan menghamili putrinya sendiri dengan Antikristus. Karena kelahiran Antikristus akan mengakibatkan hari kiamat. Kiamat pada gilirannya akan menyebabkan orang kembali ke Gereja dan memungkinkan Gereja untuk mendapatkan kembali kekuasaannya.
Brennan meminta Margaret untuk menemukan arsip tentang kelahiran Carlita. Jika Carlita lahir pada hari ke-6 di bulan ke-6 pada pukul 6 pagi (666), maka itu akan memastikan bahwa dia adalah anak Iblis dan harus diselamatkan. Brennan juga menyebutkan bahwa tanda lahir dalam bentuk “666” harusnya juga ada di tubuh Carlita.
Margaret terguncang, tetapi tidak mau mempercayai klaim Brennan. Dia meminta bantuan seorang pastor bernama Gabriel untuk menemukan catatan Carlita, tetapi dia menolak. Dia kemudian berbicara dengan Carlita dan bertanya mengapa dia bertingkah buruk. Carlita mengatakan dia mendengar suara dan melihat penglihatan yang mengerikan. Margaret mengatakan bahwa itu hanyalah halusinasi seperti yang dia alami.
Saat itu di luar, kerusuhan terjadi oleh para demonstran. Ketika para siswi dan biarawati melarikan diri, Margaret mengalami “halusinasi” di mana dia diserang oleh sosok iblis yang hanya bisa dia lihat.
Silva dan biarawati lainnya kemudian mendiagnosa Margaret bahwa kesehatan mentalnya menurun dan paranoia Margaret memperburuk keadaan Carlita. Mereka melarang Margaret berinteraksi dengan Carlita dan mengatakan bahwa dia tidak layak untuk mengucapkan sumpahnya.
Saat berkendara pulang, Margaret melihat Paolo berjalan di trotoar dan berhenti untuk berbicara dengannya. Paolo ketakutan melihat Margaret dan meminta maaf padanya. Dia memohon Paolo pada untuk menjelaskan mengapa dia takut melihatnya. Paolo menyebut-nyebut tentang “tanda lahir”. Namun tiba-tiba dia ditabrak mobil yang sedang melaju kencang dan terjepit ke dinding. Margaret mencoba menariknya, tetapi malah badan bagian atasnya terpisah dari bagian bawahnya. Margaret putus asa dan malam itu dia memimpikan laba-laba.
Hari berikutnya, Luz akan mengucapkan sumpahnya di biara. Margaret menyelinap ke kantor Silva dan menemukan lorong rahasia. Lorong ini mengarah ke ruangan dengan lemari arsip, dimana Margaret menemukan banyak file berlabel “Scianna”.
Margaret menemukan foto-foto anak cacat dan meninggal, masing-masing memiliki tanda lahir angka 666. Margaret membawa semua file dan mencoba mencari Carlita agar mereka bisa kabur bersama. Namun, para biarawati memergoki mereka ketika upacara Luz baru saja selesai.
Para biarawati menyerang mereka. Margaret melihat tanda lahir 666 di langit-langit mulut Carlita yang menjerit kesakitan. Margaret sempat menyembunyikan file-file tersebut sebelum akhirnya ditangkap. Dia kemudian disiksa dengan penglihatan tentang biarawati yang membakar dirinya.
Malam itu, Pastor Gabriel membebaskan Margaret. Dia menemukan file-file yang disembunyikan dan diam-diam telah bekerja sama dengan Pastor Brennan. Carlita dijaga ketat, jadi mereka menyelinap keluar dan bertemu dengan Brennan.
Saat meninjau file, mereka menyadari bahwa kata “Scianna” merujuk pada proyek Gereja untuk mendapatkan anak dari Setan. Setiap file berisi rincian upaya yang dilakukan Gereja. Sebagian besar gagal, dan anak-anak itu segera meninggal setelah lahir. Satu file tanpa foto yang ternyata foto yang dimiliki Brennan.
Saat mereka mengamati foto itu, mereka melihat ada tanda 666 di kulit kepala bayi tersebut. Margaret menegaskan bahwa bayi itu bukanlah Carlita karena tanda lahir Carlita ada di langit-langit mulutnya. Mereka akhirnya menemukan file kedua berisi informasi tentang Carlita, artinya ada dua anak Setan yang masih hidup.
Margaret teringat kembali perkataan Paolo sebelum tewas, dia berbisik agar Margaret memeriksa dirinya sendiri untuk menemukan tanda lahir. Brennan dan Gabriel menemukan tanda 666 di kulit kepala Margaret.
Tiba-tiba, seluruh ingatannya tentang malam di klub kembali. Setelah pingsan karena alkohol, Paolo yang merasa bersalah membawa Margaret ke Biara. Di sana, Margaret dibawa ke ruang rahasia, diikat ke sebuah altar, dan dijadikan persembahan untuk iblis yang mengerikan. Margaret diperkosa oleh Iblis sementara para biarawati dan pendeta lainnya menyaksikannya.
Menyadari bahwa dia mengandung Antikristus, Brennan dan Gabriel membantu Margaret menuju klinik aborsi. Sebelum sampai, mobil mereka ditabrak oleh penyerang dari pihak Gereja. Gabriel tewas dan Brennan pingsan. Margaret mencoba melarikan diri tetapi tidak bisa bergerak. Kehamilannya tiba-tiba berkembang hingga mencapai masa kelahiran hanya dalam hitungan menit dan air ketubannya pecah.
Margaret terbangun terikat di ranjang, Kardinal Lawrence di sampingnya. Lawrence menyebut Margaret seharusnya bangga karena melalui kelahiran Antikristus, Gereja akan kembali berjaya dan menyelamatkan jutaan jiwa. Seorang dokter melakukan operasi caesar dan mengeluarkan kantung dari rahim Margaret. Dokter membukanya dan memperlihatkan bayi kembar – satu laki-laki dan satu perempuan. Bayi perempuan diabaikan sementara para pendeta memuji bayi laki-laki sebagai Antikristus. Dokter menjahit kembali luka Margaret.
Margaret meminta untuk menggendong anaknya. Lawrence menyerahkan bayi laki-laki itu. Namun itu hanya tipuan, Margaret menusuk leher Lawrence dengan pisau bedah dan kemudian meraih bayi laki-laki. Dia mengancam akan membunuhnya. Silva menjegal Margaret dan terjadi perkelahian. Tiba-tiba Margaret berteriak kesakitan karena ternyata Luz menusuknya dari belakang. Para pendeta mengambil bayi itu Margaret jatuh ke lantai. Sebelum pergi, Silva memerintahkan anak buah untuk membakar semuanya. Margaret memeluk bayi perempuannya dan menyerah terhadap kobaran api.
Tiba-tiba, Carlita muncul dan membantu Margaret dan bayi perempuannya melarikan diri. Ketika mereka bertiga pergi, terdengar jeritan iblis. Mereka melihat sosok iblis melolong kesakitan saat api melahap dan membunuhnya.
Anggota Gereja kemudian membunuh bayi milik keluarga Thorn dan menggantinya dengan bayi Margaret.
—
Beberapa tahun kemudian, Margaret, Carlita, dan putri Margaret tinggal di kabin terpencil. Pastor Brennan muncul dan Margaret mengancamnya dengan senapan. Brennan menyatakan dia tidak berniat menyakiti mereka, dia hanya datang untuk memperingatkan bahwa Gereja telah melacak dan berencana untuk membunuh mereka. Saat Brennan pergi, dia juga menyebutkan bahwa putra Antikristus milik Margaret, sekarang bernama Damien, masih hidup dan mulai berkuasa.