Cecilia, seorang biarawati yang taat, disambut dengan hangat di pedesaan Italia yang indah. Di sana, dia ditawari peran baru di sebuah biara terkenal. Namun, lambat laun Cecilia menyadari bahwa tempat tinggal barunya ini menyimpan rahasia gelap dan mengerikan.
Di sebuah biara di Italia, Suster Mary terlihat sedang berdoa. Dia menunggu Ibu Kepala Biara tertidur untuk mencuri kuncinya. Mary berhasil ke gerbang dan nyaris kabur, tetapi para biarawati lain berhasil menangkapnya dan mematahkan kakinya di gerbang. Mary terbangun di dalam peti mati dan berteriak minta tolong namun sia-sia.
—
Seorang biarawati muda, Suster Cecilia, tiba di Italia di biara yang sama. Setibanya di sana, dia bertemu dengan Suster Kepala Biara, dan diajak berkeliling oleh Suster Isabelle. Isabelle menunjukkan Cecilia seluk beluk tempat itu dan memberi tahu bahwa ruang bawah tanah adalah tempat terlarang. Cecilia juga bertemu teman sekamarnya, Suster Gwen.
Cecilia mengucapkan janjinya di bawah pimpinan Kardinal Franco Merola dan Pastor Sal Tedeschi. Dalam sebuah pesta kecil untuk menyambut kedatangannya, Cecilia bercerita kepada Tedeschi tentang bagaimana dia selamat dari tenggelam di danau beku setelah jantungnya berhenti selama tujuh menit. Tedeschi menganggap ini sebagai tanda bahwa Cecilia dipilih oleh Tuhan untuk tujuan khusus.
Hari itu dia menemukan seorang biarawati berjubah hitam dan bermasker tertelungkup di lantai di depan altar. Tetapi biarawati tersebut segera menyuruhnya pergi.
Saat berbalik, dia terkejut karena Suster Kepala Biara sudah berada di belakangnya. Kepala Biara kemudian diberikan paku yang konon pernah digunakan untuk menyalib Yesus. Cecilia kemudian berkonsultasi dengan pastor, namun tiba-tiba beberapa tangan menjebol bilik dan menariknya. Dia kemudian melihat beberapa biarawati yang memakai masker hendak menusuknya dengan paku. Cecilia kemudian terbangun, ternyata itu hanyalah mimpi buruk.
Cecilia mulai menjalankan tugas di biara, yaitu merawat merawat para orang tua atau mengurus yang telah meninggal. Dia juga harus menyembelih ayam untuk dimakan.
Saat mandi, Cecilia muntah-muntah. Setelah diperiksa tim medis dan diinterogasi oleh Merola dan Tedeschi, disimpulkan bahwa Cecilia hamil secara ajaib (immaculate conception) karena dia masih perawan. Para biarawati lain pun mulai menganggapnya sebagai titisan Bunda Maria. Dia pun mulai dipuja-puja dan dimuliakan. Namun, Cecilia merasa terbebani dan tertekan dengan peran barunya itu.
Trimester Kedua
Suster Isabelle tiba-tiba hendak menenggelamkannya saat dia sedang berendam. Namun beberapa suster lain berhasil menghentikan Isabelle. Isabelle merasa marah karena harusnya dialah yang terpilih dan menuntut tes diulang padanya. Tak lama kemudian, Isabelle bunuh diri dengan melompat dari atap.
Melihat kejadian tersebut, Suster Gwen mulai terang-terangan mengkritik dan mempertanyakan apa yang terjadi di biara. Para biarawati lain mencoba membungkamnya.
Suatu malam, Cecilia mendengar teriakan dan permintaan tolong. Dia menemukan Gwen yang diikat di kursi dengan lidah dipotong sebagai hukuman atas pemberontakannya. Cecilia juga menemukan lab bawah tanah berisi toples-toples berisi janin.
Suatu pagi, Cecilia berteriak kesakitan. Para biarawati lain menemukannya berlumuran darah, seolah-olah mengalami masalah serius pada kehamilannya. Tedeschi membawa Cecilia ke rumah sakit menggunakan mobil. Tetapi salah satu suster menemukan bangkai ayam di bawah tempat tidur Cecilia. Rupanya, darah tersebut adalah darah ayam yang disembelih Cecilia.
Suster tersebut segera menelpon Tedeschi. Cecilia yang menyadari muslihatnya sudah ketahuan segera keluar mobil untuk melarikan diri.. Sayangnya, dia tertangkap dan telapak kakinya dicap dengan salib besi yang membara untuk mencegahnya melarikan diri lagi.
Tedeschi kemudian menjelaskan kepada Cecilia bahwa tujuan mereka menggunakan lab tersebut adalah untuk menciptakan kembali kedatangan Kristus yang kedua. Mereka menggunakan DNA dari paku salib dan mencari perawan terpilih sebagai ibu. Janin-janin dalam toples adalah percobaan yang telah gagal. Tedeschi menganggap Cecilia selamat dari kejadian di danau sebagai bukti bahwa dia terpilih untuk tujuan ini.
Trimester Ketiga
Cecilia sadar bahwa anaknya bisa jadi mesias atau malah menjadi antikristus. Saat Suster Kepala Biara melakukan USG, Cecilia memukul kepalanya dengan salib dan kabur. Dia mencekik Kardinal Merola dengan rosario hingga tewas. Air ketubannya kemudian pecah. Cecilia menuju lab Tedeschi dan menyiramnya dengan cairan ethanol. Tedeschi mencoba menghentikannya, tapi Cecilia berhasil keluar dan berusaha mengunci pintu lab.
Tedeschi mencoba meraih dan mencekiknya dari dalam. Namun Cecilia berhasil mematahkan jari Tedeschi. Dia lalu menyalakan korek api dan melemparkannya ke dalam lab. Lab pun meledak dan terbakar.
Cecilia berlari melalui ruang bawah tanah dan menemukan mayat Gwen. Dia hampir mencapai jalan keluar. Namun tiba-tiba Tedeschi dengan luka bakar yang parah menyerangnya. Dia mencoba merobek membelah perut Cecilia dengan pisau bedah yang dibawanya untuk mengeluarkan bayinya. Namun Cecilia berhasil menusuk tenggorokan Tedeschi dengan paku yang disembunyikannya. Tedeschi pun tewas.
Cecilia keluar biara, lalu berteriak kesakitan saat melahirkan. Dia menggigit tali pusar bayinya. Bayi itu mengeluarkan suara geraman dan erangan yang tidak seperti manusia. Cecilia mengambil batu besar, berteriak, lalu menghujamkannya ke bayinya.
