Sebuah kapal kargo diserang oleh penjahat saat badai melanda. Arthur Curry/Aquaman (Jason Momoa) muncul dari laut, menunggang kuda laut raksasanya bernama Storm. Dia berpura-pura ikut mengepel lantai bersama penjahat, sambil berbicara tentang kehidupannya selama beberapa tahun terakhir.
Setelah mengalahkan adiknya, Orm/Ocean Master (Patrick Wilson), Arthur kini menjadi raja Atlantis, sebuah pekerjaan yang dianggapnya membosankan. Ditambah lagi, ada dewan kerajaan yang selalu menolak permintaan Arthur untuk mengekspos keberadaan Atlantis ke dunia darat.
Meskipun kehidupan menjadi raja melelahkan, rasa lelah itu hilang karena sekarang Arthur sudah menikah dengan Mera, yang sekaligus menjadi ratu Atlantis. Dari pernikahan tersebut, mereka berdua dikaruniai seorang anak yang diberi nama Arthur Junior. Karena masih kecil, Junior tinggal di daratan bersama ayah Arthur, yang bernama Tom. Meskipun masih kecil, Junior sudah bisa berkomunikasi dengan ikan, yang membuat Arthur senang karena kemampuannya turun ke anaknya.
Namun, hal itu membuat Arthur dan juga Mera sering bolak-balik dari daratan ke lautan untuk mengasuh anak dan juga Atlantis. Arthur bahkan lebih sering beraktivitas di daratan karena menjadi bagian dari Justice League. Kebiasaan ini menimbulkan keresahan bagi kerajaan lain, terutama karena bangsa bawah laut terancam diketahui keberadaannya yang selama ini dirahasiakan.
David Kane, atau Black Manta, bekerja sama dengan Dr. Shin untuk mencari teknologi Atlantis yang hilang di Antarktika. Hal itu untuk memperbaiki kostumnya agar David bisa balas dendam kepada Arthur. Namun, sayangnya, bencana menimpa Dr. Shin dan rekannya. Sebuah bongkahan es tiba-tiba retak, membuat mereka berdua terjatuh ke dalam reruntuhan.
Sesuatu yang mengerikan berbentuk tentakel dari dalam es mencoba untuk keluar, hingga akhirnya makhluk itu menarik Dr. Shin yang tak bisa berbuat apa-apa. Beberapa saat kemudian, bantuan akhirnya datang, dan Dr. Shin memberitahu David bahwa ada sesuatu di dalam sana yang mengerikan.
Mereka semua kemudian masuk dan menemukan gua yang sangat besar. David bersama anak buahnya menyelam untuk mencari teknologi yang dicari. Mereka menemukan beberapa bangunan kuno dan juga tengkorak membeku di sana. Saat sedang mengeksplorasi, tiba-tiba tentakel yang sama menyerang mereka semua dan melempar David ke dasar laut.
David menemukan beberapa peralatan kuno serta menemukan Trisula Hitam. Saat dipegang, David melihat sesosok monster bernama Kordax yang mengelabui David untuk membebaskannya agar mendapat kekuatan besar untuk balas dendam kematian ayahnya kepada Arthur.
Di lain sisi, Arthur dipanggil oleh para dewan untuk rapat karena beberapa bulan ini bumi mengalami perubahan iklim secara drastis. Arthur menyarankan untuk bekerja sama dengan dunia darat agar kedua dunia tersebut bisa mengatasi perubahan iklim tersebut. Namun, para dewan menolak karena ulah dunia daratlah yang sudah merusak lautan selama berabad-abad. Bahkan, wabah yang mereka bicarakan sudah menghabisi Vulko, alias mentor Arthur.
Setelah menemukan Black Trident, David yang sudah dirasuki oleh Kordax langsung mengetahui semua tentang peralatan kuno yang ia temukan sebelumnya. Saat ini, David menggunakan kapal selam kuno miliknya untuk mencuri bahan bakar langka bernama Orichalcum di tempat penyimpanan Atlantis. David dengan dua anak buahnya menggunakan robot gurita untuk mengakses tempat penyimpanan Atlantis.
David berhasil mengambil Orichalcum dengan jumlah besar. Tak lama kemudian, Atlana, Mera, serta para penjaga datang untuk menghentikan aksi David. Kapal selam mempunyai pelindung serta melumpuhkan senjata Atlantis menggunakan gelombang suara. Hanya dengan satu kapal selam berhasil mengacaukan Atlantis, bahkan David berhasil melukai Mera dengan laser di matanya.
Arthur datang untuk menghentikannya. Karena banyak penjaga yang berdatangan, David kabur dan mengalihkan perhatian Arthur dengan menembak kapal berisi warga sipil. Akibat dari laser David, Mera terluka cukup parah. Arthur, King Nereus, serta Atlana akhirnya berdiskusi untuk mencari keberadaan David yang menghilang. Arthur juga dibuat terkejut karena kemampuan David yang semakin kuat.
Mereka juga sadar bahwa perubahan iklim ini akibat dari Orichalcum yang sudah digunakan oleh David. Orichalcum sendiri adalah bahan bakar yang efektif, namun mempunyai dampak yang sangat besar bagi iklim di bumi sehingga sudah tidak digunakan lagi. Arthur kemudian memiliki ide untuk membebaskan King Orm dari penjara Fisherman Kingdom, karena hanya Orm-lah yang mengetahui lokasi David, karena sebelumnya ia pernah berurusan dengannya. Namun, dengan dibebaskannya Orm, itu artinya seluruh kerajaan akan terlibat dalam perang. Arthur harus membebaskan adiknya tanpa diketahui oleh kerajaan lain.
Arthur sampai di penjara Fisherman Kingdom dengan dibantu seekor gurita bernama Topo. Orm sendiri saat ini kurus kerontang dan hanya diberi sedikit air yang cukup untuk membuatnya tetap hidup. Jika Arthur tertangkap, maka ia akan mati oleh penjaga di sana yang tak kenal ampun.
Dengan kostum tak terlihatnya, Arthur langsung menyerang para penjaga dan berhasil membebaskan Orm. Setelah itu, mereka berdua pun segera kabur menggunakan tunggangan seekor monster yang sudah mereka curi. Setelah sampai di atas, masih banyak penjaga yang mengejar, sehingga mereka harus segera masuk ke dalam air. Orm sendiri akhirnya berhasil meminum air laut dan mengembalikan seluruh kekuatannya.
Setelah berhasil kabur, Arthur kemudian menjelaskan situasinya dan saat ini ia memerlukan bantuan dari Orm untuk mengetahui lokasi David. Saat ini, Orm sudah berubah, ia berjanji akan kembali ke penjara dengan sendirinya setelah selesai membantu Arthur. Mereka kemudian menuju ke tempat persembunyian bajak laut bawah air yang disebut Sunken Citadel.
Di lain sisi, David sampai di markas barunya di sebuah pulau yang sudah dipenuhi peralatan kuno. Dr. Shin sempat ingin berhenti bekerja sama dengan David karena kelakuan mereka sudah salah. Namun, karena area luar markas dipenuhi monster, membuat Dr. Shin mengurungkan niatnya untuk pergi.
Orm dan Arthur menemui King Fish yang memiliki banyak relasi dengan para perompak. Orm kemudian meminta lokasi David kepada King Fish dengan imbalan Atlantis akan membantunya. Namun, King Fish menolak dan ingin menangkap mereka berdua, sehingga kerusuhan pun tak terhindarkan.
Arthur berhasil memojokkan King Fish dan memaksanya untuk memberitahu lokasi David. King Fish yang terpojok akhirnya mengatakan lokasi David, yang saat ini ada di sebuah gunung berapi aktif di pulau selatan Laut Pasifik yang disebut Devil’s Deep.
Di sisi lain, saat David berbicara dengan Kordax di cermin, Dr. Shin tak sengaja melihat David berbicara dengan Kordax, membuat Dr. Shin bingung sekaligus ketakutan.
Beberapa waktu kemudian, Dr. Shin tak menemukan David di kamarnya dan menemukan Black Trident. Dr. Shin pun memegangnya dan melihat kerajaan kegelapan Kordax yang sangat mengerikan. Namun, aksinya ketahuan oleh David, dan saat itu juga David mengaku sudah membuat janji dengan iblis. Ia hanya membakar Orichalcum untuk merubah iklim agar kerajaan Atlantis bisa hancur.
Orm dan Arthur yang sudah sampai di Pulau markas David berada yang terlihat polusi dari Orichalcum keluar dari arah gunung. Topo juga diminta mengirim lokasi mereka agar bantuan dari Atlantis datang. Akibat dari pembakaran Orichalcum, semua makhluk hidup di pulau tersebut mengalami evolusi yang sangat cepat, membuat tubuh mereka menjadi raksasa.
Segerombolan serangga raksasa mengejar mereka berdua. Mereka lari dan sempat terpojok, namun Arthur berhasil membuat jembatan dari sebuah patung yang membuat mereka berhasil lolos. Mereka berdua sampai dan menghabisi beberapa penjaga di sana. Kemudian masuk ke ruang kendali dan melumpuhkan mereka semua. Terlihat di sana Orichalcum yang dibakar untuk merusak iklim global.
Tak lama, Dr. Shin pun datang dan meminta untuk dibawa dengan imbalan akan memberitahu semua rencana David. Sebelum Shin menjelaskan, tangan kanan David, Stingray, muncul dan membuat Shin tidak sadarkan diri.
Anak buah Manta segera menyerang mereka. Stingray mengendalikan robot besar dengan tentakel. Arthur dan Orm bekerja sama untuk mengalahkan robot Stingray tersebut.
David akhirnya datang melawan mereka berdua, namun tak lama kemudian pasukan Atlantis sudah datang, menghancurkan gunung tersebut dan membuat David serta anak buahnya kocar-kacir untuk melarikan diri. Arthur yang berusaha mengejar David harus gagal setelah terkena gelombang sonar. Arthur yang tertimpa reruntuhan berhasil diselamatkan oleh Mera, yang sudah pulih dari lukanya.
Nereus masih tidak suka kepada Orm akibat ulahnya. Orm yang sempat memegang Black Trident akhirnya tahu bahwa dahulu kala ada sebuah kerajaan bernama Necrus yang dipimpin oleh seorang raja bernama Kordax, saudara dari Raja Atlan. Namun, karena Necrus menggunakan orichalcum, King Atlan pun meminta Kordax untuk berhenti menggunakannya karena bisa berdampak buruk bagi bumi.
Namun, Kordax menganggap King Atlan ingin mengambil kekuatannya, dan ia pun membuat Black Trident serta mengubah seluruh rakyatnya menjadi monster untuk melawan Atlantis. Kedua kerajaan itu akhirnya berperang, namun kerajaan Atlantis berhasil menang. King Atlan kemudian menyegel kerajaan Necrus dengan darahnya sendiri, membekukan tempat tersebut agar kekuatan Kordax tak ditemukan oleh siapapun.
Arthur dan lainnya akhirnya sadar bahwa untuk membuka segel Kordax diperlukan darah dari keturunan Raja, yaitu Arthur, Orm, dan juga Atlan. Namun, mereka lupa bahwa Junior juga merupakan keturunan Raja, dan darahnya bisa untuk membuka segel.
Di sisi lain, David berhasil menumbangkan Tom dan mengambil Junior. Setelah itu, di kapal selam, Dr. Shin tahu bahwa David sudah mengambil anak Arthur dan memutuskan untuk mengirim lokasi kapal selamnya kepada pihak Atlantis.
Arthur yang sudah ada di daratan menemukan rumahnya hancur dan ayahnya terluka. Nereus kemudian menangkap sinyal dari Dr. Sinin dan mereka segera menuju ke sana. Dalam perjalanan, Arthur menyarankan untuk menyerang kapal selam dengan gelombang sonar yang lebih tinggi agar kapal selam hancur. Mereka bersiap-siap untuk bertarung, namun Nereus masih belum sepenuhnya percaya dengan Orm.
David dan Dr. Shin menuju gunung es sambil membawa Junior untuk membuka segel Kordax. Atlantis sempat menembak mereka, namun David berhasil lolos dan sampai di kerajaan Necrus. Di sisi lain, Arthur menggunakan hewan dengan kemampuan untuk menyerang kapal selam, dan cara itu berhasil menghancurkan kapal selam.
Setelah itu, Arthur bersama lainnya berhasil masuk, namun rakyat kerajaan Necrus yang sudah menjadi monster menyerang mereka. Arthur melanjutkan perjalanannya menuju tahta Kordax, namun Nereus sempat tertangkap monster. Orm membantunya, membuat kepercayaan Nereus kepada Orm kembali.
Dr. Sinin akhirnya mengkhianati David dengan memberikan sebuah tas berisi bom. Pada akhirnya, Dr. Sinin pun tertangkap. Saat akan dihabisi, Junior berhasil mengirim sinyal kepada ayahnya, membuat Arthur berhasil menyelamatkan anaknya tepat waktu. Arthur dihajar habis-habisan oleh David, namun beruntung Mera berhasil menyelamatkannya dan juga Junior saat akan kabur. Mera sempat akan terbunuh oleh Black Trident, namun Orm berhasil menyelamatkannya.
Namun, Orm yang memegang Black Trident kerasukan oleh Kordax dan membujuk Orm untuk menghabisi Arthur agar ia kembali menjadi raja Atlantis. Arthur kembali dihajar, dan darahnya berhasil membuka segel Kordax. Arthur kemudian mencoba menyadarkan Orm bahwa semua yang dikatakan oleh Kordax adalah sebuah kebohongan belaka. Orm pun sadar dan memberikan Black Trident kepada Arthur.
Namun, saat melempar Black Trident, Kordax berhasil menangkapnya. Arthur segera menggunakan Trisula Emasnya untuk menghabisi Kordax. Kematian Kordax membuat area itu hancur. Arthur yang melihat David yang akan terjatuh berusaha untuk menolongnya, namun David menolak dan memilih untuk membiarkan dirinya tewas.
Mera berterima kasih kepada Dr. Sin karena sudah menyelamatkan anaknya. Arthur juga tidak mengembalikan adiknya ke penjara dan menyuruhnya untuk bersembunyi di Antarktika. Arthur dan Orm sekarang berbaikan dan menjadi selayaknya adik kakak, meskipun beda ayah.
Arthur kembali ke Atlantis dan memutuskan untuk mengungkap kerajaan tersebut ke dunia permukaan. Atlantis muncul dari lautan dan Arthur berbicara di hadapan PBB dalam upayanya menyatukan daratan dan lautan. Dia mengakhiri pidatonya dengan bangga menyatakan dirinya sebagai raja Atlantis, dan, tentu saja… AQUAMAN!
Credit scene: Orm makan burger keju untuk pertama kalinya karena Arthur pernah menyarankannya. Dia kemudian melihat seekor kecoa dan menambahkannya ke burgernya.
