Film “Siksa Neraka” menceritakan tentang pasangan suami istri bernama Ustaz Syakir dan ibu Rika. Mereka memiliki empat orang anak, yang pertama bernama Saleh, yang kedua bernama Fajar, yang ketiga Tyas, dan si bungsu bernama Azizah. Ustaz Syakir dikenal sebagai Ustaz kondang di kampung mereka. Dia selalu diminta tolong untuk melakukan rukiah oleh warga sekitar, sebagai seorang panutan di kampung.
Ustaz Syakir selalu mendidik keempat anaknya dengan keras. Ia dan ibu Rika juga selalu mengajarkan kepada mereka untuk takut melakukan dosa, karena dosa itulah yang akan mengantarkan mereka ke neraka.
Seiring berjalannya waktu, anak-anak Ustaz Syakir menginjak remaja. Saleh, saat ini tengah kuliah di kota. Dia yang paling membanggakan dan menjadi panutan bagi adik-adiknya. Menurut pengakuannya, selain kuliah, dia juga sebagai asisten dosen di kampus. Saat pulang ke rumah, Saleh sering membawa oleh-oleh buat kedua orang tuanya dan adik-adiknya.
Fajar, sebagai anak kedua, dikenal sebagai remaja yang alim. Dia mengungkapkan keinginannya untuk mengikuti jejak sang kakak dan kuliah di kota. Sementara Tyas, sebagai anak ketiga, terlihat sebagai anak yang jujur, rajin beribadah, dan bersemangat dalam belajar. Namun, dia memiliki kelemahan dalam mengikuti pelajaran di sekolah. Tyas juga dikenal memiliki indra keenam sejak kecil.
Si bungsu, Azizah, merupakan anak yang manja dan memiliki hobi menyanyi. Suatu hari, Ustaz Syakir tanpa sengaja mengetahui hasil ujian matematika Tyas yang jelek, membuat dia sangat marah. Ustaz Syakir menghukum Tyas dengan memukul jari tangannya menggunakan kayu. Tyas menangis menahan sakit atas hukuman ayahnya.
Suatu malam, Ustaz Syakir menerima kabar melalui telepon bahwa teman kelas Azizah meninggal dunia karena bunuh diri. Ustaz Syakir beserta istrinya pergi melayat, sementara anak-anaknya memilih tetap tinggal di rumah. Ustaz Syakir mengingatkan Saleh untuk menjaga adik-adiknya.
Azizah menceritakan kepada kakak sulungnya bahwa malam itu dia masuk final lomba menyanyi di desa seberang, namun tidak dizinkan oleh ayahnya. Saleh mengajak semua saudaranya untuk pergi ke desa seberang mengantarkan Azizah. Meski khawatir karena waktu belum azan Isya dan belum menunaikan salat, Tyas menuruti permintaan adiknya dengan terpaksa. Saleh mengatakan bahwa Tyas bisa salat di masjid setelah sampai di desa seberang.
Keempat saudara kandung itu pergi meninggalkan rumah. Untuk mempersingkat waktu perjalanan, Saleh mengatakan satu-satunya rute tercepat adalah dengan menyeberang sungai.
Dalam perjalanan mereka, mereka berpapasan dengan kakek tua bernama Pak Harjo yang mengalami katarak. Pak Harjo mengenali keempat anak itu sebagai putra Ustaz Syakir dan memperingatkan mereka untuk tidak menyeberang sungai pada malam itu karena sangat berbahaya. Namun, mereka tidak menghiraukan seruan kakek itu.
Di tengah guyuran hujan yang deras, Saleh dan adik-adiknya bersikeras melanjutkan perjalanan mereka. Mulai menyeberang sungai yang airnya meluap karena kondisi hujan yang begitu lebat. Namun, naasnya keempat kakak beradik itu terjatuh dan terseret arus sungai yang deras, menghilang tanpa jejak.
Sementara itu, Ustaz Syakir dan istrinya yang baru pulang ke rumah mereka memanggil keempat anaknya, namun tidak mendapat jawaban.
Saat sang Ibu mengetuk pintu tidur kamar Azizah, pintunya terbuka, dan si bungsu terlihat berada di sudut kamar menghadap ke dinding. Ibu Rika memanggil dan mendekati Azizah, namun tiba-tiba Azizah berubah menjadi hantu menyeramkan. Ternyata itu hanyalah ilusi sang ibu.
Pak Harjo dan warga Kampung datang ke rumah Ustaz Syakir. Pak Harjo mengingatkan Ustaz Syakir untuk selalu berdoa kepada Allah. Warga memberi kabar bahwa sempat bertemu dengan keempat anaknya menyeberangi sungai dan terbawa arus. Sementara itu, warga lainnya menemukan tas Saleh di tepi sungai.
Keesokan harinya, tim SAR dan warga kampung memulai pencarian dengan menyusuri sungai. Pada malam harinya, mereka menemukan Saleh dalam kondisi tidak bernyawa.
Sementara itu, Saleh yang terbangun di alam lain mirip neraka, menyaksikan banyak orang disiksa. Saleh juga disiksa dengan sangat kejam, mengingat dosa-dosanya selama hidup di dunia. Dia teringat sering membohongi ibunya, meninggalkan salat, menipu uang warga dan Pak Harjo. Pak Harjo menjadi salah satu korban dari kecurangan Saleh. Uang yang seharusnya digunakan untuk operasi mata kataraknya habis diberikan kepada Saleh untuk investasi, namun tidak pernah kembali.
Warga kembali menemukan putra kedua Ustaz Syakir, Fajar, dalam kondisi tidak bernyawa. Fajar juga harus mempertanggungjawabkan perbuatannya selama hidup di dunia. Dia merintih kesakitan atas siksa api neraka, mengungkap perbuatan tersembunyi seperti menonton film porno dan berzina Bahkan seorang warga menceritakan bahwa dia pernah mencuri kota amal anak yatim. Ustaz Syakir dan istrinya merasa hancur mendengar semua itu, karena banyak perbuatan anak-anak mereka yang tidak pernah mereka ketahui.
Sementara itu, warga menemukan Tyas dalam kondisi kritis. Tyas segera dibawa ke rumah sakit. Ustaz Syakir membaca buku Tyas yang menyimpan semangat belajar lebih giat. Ustaz Syakir menyesali pendidikannya yang keras terhadap Tyas.
Jenazah Saleh dan Fajar dimandikan dan dikafankan malam itu. Karena listrik padam dan ada genangan air menuju pemakaman, jenazah Saleh dan Fajar tidak dapat dikebumikan malam itu.
Keesokan harinya, warga kembali menemukan Azizah, dalam kondisi tidak bernyawa. Ustaz Syakir dan istrinya semakin terpukul. Di ambang kematiannya, Azizah berada di neraka, melihat kakaknya Saleh dan Fajar yang disiksa. Dia juga melihat temannya, Dini, yang mati bunuh diri dengan cara menggantung diri dengan tali, peristiwa itu terulang secara berulang di neraka. Azizah sendiri merasakan siksaan yang amat pedih, tangan dipenggal dan lidah dipotong sebagai ganjaran atas dosa yang telah diperbuatnya selama di dunia.
Selama di dunia, Azizah ternyata telah memfitnah Dini atas pencurian gelang di sekolah, yang pada akhirnya membuat Dini dikeluarkan dari sekolah dan mengakhiri hidupnya dengan bunuh diri.
Kematian ketiga anaknya dalam kondisi mengenaskan dan tragis membuat luka yang sangat dalam bagi Ustaz Syakir dan istrinya. Mereka menyesali tidak membekali anak-anak mereka dengan bekal yang cukup selama hidup di dunia.
Tyas, dalam kondisi mati suri, berada di alam lain. Dia melihat kakak dan adiknya disiksa dengan sangat keji di neraka. Tyas sangat bersedih melihat siksaan yang diterima oleh saudara-saudaranya itu. Tyas dikenal sebagai anak yang baik, rajin melakukan salat, jujur, gemar bersedekah, dan sering memberi makan kepada kucing. Tyas merasa berat harus berpisah dengan saudara-saudaranya.
Akhirnya, Tyas terbangun dari mati surinya, membawa rasa duka dan kehilangan yang mendalam setelah menyaksikan penderitaan saudara-saudaranya dalam alam lain.
