Adam Clay, mantan pasukan khusus rahasia negara yang dikenal sebagai “The Beekeeper,” sebuah organisasi rahasia di luar pemerintah yang menangani kasus di luar hukum. Dalam masa pensiunnya, Clay menyewa gudang milik Nyonya Parker untuk tempat tinggal dan juga untuk beternak lebah guna mendapatkan madu.
Nyonya Parker, seorang pensiunan guru yang tinggal sendiri, menghabiskan waktunya sebagai kepala yayasan donasi anak yang kurang mampu. Dengan adanya Clay, Nyonya Parker merasa bersyukur karena tidak lagi sendirian di rumahnya. Begitu juga Clay yang diperbolehkan tinggal di gudang tersebut. Siang itu, Nyonya Parker mengundang Clay untuk makan malam setelah pekerjaannya selesai.
Nyonya Parker kembali ke rumah dan menyalakan laptopnya. Ternyata laptopnya terkena virus, memaksa dia menghubungi nomor yang sudah tertera. Namun, ternyata call center tersebut adalah nomor dari organisasi pishing yang berkedok perusahaan antivirus. Mereka mengendalikan laptop Nyonya Parker dari jarak jauh, mengakses riwayat akun tabungan, dan menipunya.
Manajer perusahaan pishing United Data Group yang bernama Mickey Garnett, memberikan alasan palsu tentang gangguan sistem dan meminta nomor rekening Nyonya Parker. Garnett mengirimkan jumlah uang yang jauh lebih besar dari yang diminta, berpura-pura sebagai kesalahan, dan meminta sisa uangnya dikembalikan. Tanpa curiga, Nyonya Parker mengakses tabungannya melalui laptop. Namun tiba-tiba saldo serta uang donasinya lenyap.
Di saat yang sama, Clay masih sibuk dengan lebahnya dan membuat stoples madu untuk Nyonya Parker. Dia hendak memenuhi undangan Nyonya Parker untuk makan malam. Namun, saat ingin masuk ke rumah, tidak ada jawaban, dan rumah gelap. Clay memaksa masuk dengan membawa pisau dapur. Tiba-tiba, agen FBI bernama Verona, anak Nyonya Parker, muncul. Mereka menemukan Nyonya Parker sudah tewas bunuh diri.
Verona menghubungi rekan-rekannya untuk menyelidiki kasus ibunya dan Adam Clay. Clay ditangkap untuk diinterogasi. Namun, setelah mengakses laptop ibunya, Verona mengetahui penyebab bunuh diri ibunya, yaitu karena terkena pishing yang menghanguskan seluruh saldo rekeningnya. Clay dibebaskan karena dianggap bersih dan hanya penyewa gudang Nyonya Parker.
Verona merasa bersalah dan meminta maaf kepada Clay karena menuduhnya sebagai pembunuh ibunya. Dia juga mengungkapkan bahwa United Data Group adalah buronan yang dicari oleh FBI. Pihak FBI kesulitan melacak lokasi organisasi tersebut.
Clay kemudian menghubungi teman lamanya dan dengan cepat menemukan lokasi United Data Group. Clay lalu pergi ke lokasi membawa dua jerigen. Saat akan masuk, Clay dihadang oleh dua petugas, namun dengan mudah menghabisinya. Setelah masuk, Clay menghadapi karyawan di sana, memaksa mereka berjanji untuk tidak menipu orang-orang yang kurang paham teknologi.
Clay menyuruh mereka semua segera keluar karena ia akan membakar gedung tersebut. Garnett bersama para penjaga yang sudah ada di sana berusaha menghentikan Clay, namun Clay berhasil menghabisi para penjaga. Ia memasang sebuah bom, dan jika ada telepon masuk, bom akan meledak. Garnett disuruh keluar jika dirinya tak mau terbakar hidup-hidup.
Bos United Data Group bernama Derek mendapat informasi dari Garnett bahwa gedungnya sudah habis terbakar oleh seorang peternak lebah. Mendengar hal itu, Derek tak percaya sama sekali. Derek kemudian meminta Garnett untuk mencari tahu informasi pria tersebut dan menyewa beberapa pembunuh bayaran untuk menghabisinya. Di sisi lain, Verona mendapat laporan tentang kebakaran gedung yang sudah menipu ibunya.
Garnett akhirnya menemukan lokasi Clay yang saat itu sedang sibuk dengan lebahnya. Saat Clay pergi, Garnett dan anak buahnya menghancurkan sarang lebahnya serta mengikuti Clay. Clay, yang sudah sadar sejak tadi, bersiap-siap untuk membantai Garnett beserta anak buahnya di dalam gudang. Namun, Clay tak menghabisi Garnett dan memilih untuk meninggalkannya begitu saja.
Verona yang sedang melakukan interogasi, tiba-tiba mendapatkan kabar jika gudang di rumah ibunya terbakar. Sesampainya di sana, Verona dan suaminya yang juga FBI menemukan tanda pengenal milik karyawan United Data Group dan dapat disimpulkan bahwa mayat yang mereka temukan adalah karyawan. Verona juga menduga bahwa semua ini ada hubungannya dengan Adam Clay.
Garnett berhasil selamat dan kabur dari tempat itu. Di perjalanan, dia melaporkan kejadian tersebut kepada Derek bahwa semua rencananya gagal total dan semua jari kanannya sudah dipotong oleh Clay. Derek ynag mendengar hal itu, sangat terkejut dan penasaran siapa sosok pria tersebut.
Clay yang ternyata membuntutinya datang menghampiri. Clay menghajar Garnett dan melemparnya ke laut beserta truknya. Kejadian itu didengar langsung oleh Derek karena teleponnya masih tersambung. Clay kemudian mengambil telepon Garnett dan mengatakan bahwa ia akan memburu Derek serta membakarnya hidup-hidup.
Verona dan rekannya penasaran akan identitas Adam Clay karena di database milik FBI tidak tercantum identitasnya sama sekali. Mereka menduga bahwa Clay adalah seorang anggota organisasi rahasia pemerintah. Tak lama kemudian, Verona mendapat kabar bahwa tubuh Garnett sudah ditemukan tewas.
Derek meminta kepala keamanan perusahaan, Wallace untuk mencari tahu siapa Clay. Setelah mengetahui bahwa dia adalah mantan anggota Beekeper, Wallace menyadari bahwa mereka dalam bahaya. Dia memberi tahu Derek bahwa dia sudah membuat marah orang yang salah.
Wallace menghubungi ibu Derek, yang ternyata adalah Presiden USA, Jessica. Jessica memohon Wallace untuk melindungi putranya. Wallace kemudian menghubungi Direktur CIA, Janet untuk meminta informasi mengenai Adam Clay. Setelah mengetahui status Adam Clay yang sudah tidak aktif lagi, Wallace pun meminta anggota Beekeeper yang lain untuk segera menghabisi Adam Clay.
Tak butuh waktu lama, Adam Clay yang sedang mengisi bensin tiba-tiba diserang oleh anggota Beekeeper lainnya bernama Ana, Namun Clay mampu menghabisinya dengan mudah. Sementara anggota Beekeeper yang lain memilih tetap netral setelah mengetahui situasi yang sebenarnya.
Wallace lalu menghubungi mantan anak buahnya untuk berkumpul di suatu tempat. Ia menjelaskan tentang Beekeeper yang ada di CIA, dan semua anggota Beekeeper ditugaskan untuk menjaga sarangnya, yaitu negaranya sendiri. Dengan kata lain, anggota Beekeeper bisa bertindak semaunya demi kepentingan negara. Setelah itu, Wallace membohongi semua anak buahnya bahwa Adam Clay sudah pensiun, dan sebagai seorang mantan Beekeeper, Clay sudah tidak berguna untuk kepentingan negara. Wallace segera meminta anak buahnya untuk menghabisi Clay secepatnya.
Verona kembali mendapat laporan kebakaran di sebuah pom bensin serta menemukan mayat Ana yang tidak ada di dalam database FBI. Dengan begitu, Verona pun sadar bahwa Ana adalah anggota rahasia pemerintah, sama seperti Adam Clay yang disebut dengan nama “Beekeeper.” Mereka masih belum mengetahui motif Ana menyerang Clay, namun dari kejadian yang sudah berlalu, Verona sudah tahu tujuan Clay selanjutnya.
Sementar itu, Clay berhasil masuk ke markas Ana menggunakan potongan jari Ana yang sudah dipotong sebelumnya. Clay melacak telepon yang pernah dihubungi Garnett. Setelah mengetahui tujuan selanjutnya, Clay mengambil beberapa senjata yang dibutuhkan dan segera pergi ke gedung Nine Star United, yang merupakan induk United Data Group yang juga dimiliki oleh Derek.
Pasukan Wallace yang sudah ada di sana meminta untuk berjaga di luar saja. Namun, saat para pasukan sedang menyusun strategi, Clay tiba dengan sangat santai dan langsung menghajar mereka semua seorang diri. Clay yang berhasil masuk dan menghabisi semua penjahga di sana. Clay menginterogasi manajer Nine Star United menanyakan siapa pemilik dari usaha tersebut.
Tak lama kemudian, Verona beserta pasukan lainnya datang, dan beruntungnya Clay bisa segera kabur dari sana. Verona yang ada di sana tak sengaja melihat wallpaper komputer di sana dan sangat terkejut karena pemilik tempat itu adalah anak dari Presiden Danford.
Di sisi lain, Wallace mendapat kabar bahwa semua anak buahnya telah tewas, membuat dia tidak memiliki pilihan lain selain berlindung di rumah paviliun kepresidenan. Sementara itu, Verona yang sudah tahu dalang dari Nine Star United melaporkannya kepada direktur FBI. Ternyata, software yang digunakan oleh Derek untuk mengetahui semua data korbannya adalah milik CIA. Perusahaan lain yang terlibat adalah milik Presiden Danford, sebelum terpilih menjadi presiden. Dari semua kejahatan itu, FBI menyimpulkan bahwa target dari Clay selanjutnya adalah Derek. Dengan begitu, Verona ditugaskan untuk berjaga di rumah Presiden Danford.
Wallace menyewa pembunuh bayaran profesional. Namun, meskipun pengamanan yang super ketat, Clay berhasil menyusup tanpa ketahuan. Setelah itu, Clay juga memasang sebuah bom di mobil FBI serta segera ganti baju agar tidak ketahuan.
Di dalam rumah paviliun, direktur FBI memberitahu semuanya kepada Presiden, dan semua itu berhubungan dengan anaknya, yaitu Derek. Tanpa sepengetahuan ibunya, Derek sudah memakai software milik CIA untuk menjalankan usaha penipuannya. Tak cukup sampai di situ, rupanya biaya kampanye yang digunakan didapat dari penipuan anaknya.
Di waktu yang sama, Verona menyadari keberadaan Clay dan segera mengerahkan seluruh anak buahnya. Sayangnya, posisi Clay terpojok dan hendak dihabisi, tapi tiba-tiba bom yang sudah dipasang meledak, membuat keadaan menjadi berbalik. Meskipun seorang diri, Clay menghajar semua pasukan dan berhasil masuk ke dalam rumah Presiden.
Sementara itu, Presiden yang sudah muak berencana untuk mengatakan ke publik tentang semua kebusukan anaknya. Derek yang terpojok malah mengambil senjata dan menembak direktur FBI.
Derek yang panik menyandera ibunya sendiri. Dalam situasi yang rumit, Clay mencoba menyusun strategi dan memberikan pilihan kepada Verona: bekerja untuk hukum atau bekerja untuk keadilan. Tiba-tiba, Clay menembak kepala Derek dan melompat melewati jendela. Verona yang mempunyai kesempatan untuk menembak Clay malah membiarkannya kabur begitu saja.
