Teknologi telah berkembang pesat dalam seabad terakhir. Ambisi umat manusia membawa perang. Sejak pengembangan robot militer, perang telah meroket di seluruh dunia. Saat ini umat manusia menanggung akibatnya. Bencana alam, perkembangan industri yang berlebihan, dan perang tanpa henti memperburuk lingkungan ekologi global. Penyakit dan kelaparan menyelimuti dunia. Udara penuh dengan toksin tingkat tinggi. Banyak bayi terlahir dengan penyakit mengerikan.
Untuk memulihkan lingkungan agar perkembangan manusia bisa kembali ke jalurnya, pemerintah di seluruh dunia mulai membangun Skynet yang bisa memurnikan atmosfer. Namun, saat Skynet dibangun, meteorit raksasa jatuh ke distrik B16 dan tanaman alien raksasa mulai tumbuh dari sana. Tanaman ini tumbuh subur saat bersentuhan dengan air dan menyebabkan malapetaka. Ironisnya, tanaman itu bisa memurnikan atmosfer. Para ilmuwan menamainya Pandora. Akhir cerita yang Pandora berikan kepada manusia masih belum diketahui.
PUSAT KOMANDO B16
Johnson Cheng (Sean Lau), Komandan pasukan B16 sedang mengobrol dengan Tayler (Louis Koo), seorang tentara lapangan yang merupakan sahabatnya. Tak lama kemudian rombongan Kolonel Tam (Carina Lau) dari kantor pusat tiba. Cheng mengantar Kolonel Tam menghadap Mayor Jenderal Sean Li, pemegang kekuasan di B16.
Kolonel Tam yang membawa serta Doktor Chan menyampaikan misi yang mereka bawa dari pusat. Mereka akan melumpuhkan Pandora dengan sel gen yang baru saja mereka kembangkan dari virus langka. Bom gen itu akan mereka ledakkan di putik Pandora sehingga Pandora akan berhibernasi dan tidak akan menyebar lebih luas lagi. Namun Pandora akan tetap memurnikan udara di atmosfer.
Hari itu diperkirakan akan terjadi 2 kali badai. Badai pertama tidak akan melebihi curah hujan 10 mm yang akan membuat Pantura menyebar sejauh 2 km. Namun 3 jam kemudian akan terjadi badai kedua dengan curah hujan melebihi 150 mm dan membuat Pandora menyebar hingga mencapai seluruh populasi B16 yang berpenduduk 5,6 juta orang. Jadi mereka berencana menjalankan misi sebelum badai kedua. Jika misi mereka gagal, maka mereka akan melaksanakan rencana B yang mana pesawat Orca kedua akan meledakkan Pandora dengan bom yang akan memakan korban sekitar 160.000 penduduk B16.
Setelah mendapat persetujuan dari Mayor Jenderal Sean Li, Mereka kemudian menjelaskan misinya kepada tim operasi. Setelah mendapatkan briefing, tim yang terdiri dari 4 quadcopter dan 1 pesawat Orca yang mengangkut beberapa robot android dan 2 robot militer bernama Timora dan Enigma pun berangkat. Tujuan mereka adalah sebuah gedung tertinggi di mana banyak terdapat sulur-sulur Pandora.
Mereka tiba tepat saat badai pertama berlangsung. Sulur-sulur Pandora mengembang untuk menangkap air hujan.
Mereka kemudian menembakkan bom-bom yang berisi zat CA (Contra Active). Pandora menyerap zat tersebut dan mengirimkan ke putiknya. 4 quadcopter kemudian melacak keberadaan putik dengan mengikuti aliran resapan zat CA.
Hasil pelacakan menunjukkan bahwa putik Pandora berada di bawah tanah di bawah gedung. Robot Enigma dan Timora pun diturunkan. Namun tiba-tiba sinyal komunikasi mereka terputus tanpa diketahui sebabnya. Robot Android di dalam Orca tiba-tiba menyerang 3 penumpang lainnya dan membuat Orca meledak dan jatuh terbakar. Sementara itu 4 quadcopter yang kehilangan komunikasi juga ikut terjatuh karena serangan-serangan dari Pandora.
Tayler yang menumpang salah satu quadcopter segera membangunkan Connor dan Lincoln yang terluka. Mereka segera meninggalkan quadcopter mereka yang terbakar dan mencari tempat untuk mengobati luka-luka Lincoln.
Sementara itu di pusat komando, Kolonel Tam berencana akan melakukan bencana B karena menganggap rancana utama sudah gagal. Namun Cheng menolaknya. Cheng menawarkan diri untuk melanjutkan rencana utama meski melalui jalan darat. Cheng kemudin menggunakan Panser tempur untuk menuju ke pusat Pandora. Sebelumnya, dia menemui mantan koleganya di militer yang pernah dia pecat, Skunk. Dia mengajak Skunk untuk menyelamatkan Tayler dan menuntaskan misi, dengan imbalan sebuah senjata favorit Skunk. Di markas, Kolonel Tam memerintahkan Lucy, pacar Connor, untuk menyelidiki kenapa komunikasi tiba-tiba bisa terputus.
Tayler, Connor, dan Lincoln menemukan sebuah bangunan bekas rumah sakit. Tayler menyuruh Connor untuk menjaga Lincoln karena dia akan mencari jarum hemostatik. Dalam pencariannya Tayler menemukan seorang gadis kecil yang bernama Panpan yang bersembunyi di rumah sakit tersebut. Saat dia hendak menolongnya, tiba-tiba mereka diserang oleh monster alien. Tayler segera menyelamatkan gadis itu dan membunuh monster tersebut. Sementara itu, Cheng dan Skunk yang dalam perjalanan menemukan sinyal posisi dimana Tayler dan kawan-kawan berada. Cheng menggunakan Armor robotnya untuk bertempur, sementara Skunk menunggu di dalam panser.
Tayler membawa Panpan menuju ke Connor dan Lincoln. Alien-alien terus mengejarnya. Cheng yang telah tiba, langsung membantu Tayler. Setibanya di posisi Connor, rupanya Lincoln telah tewas dimangsa oleh alien. Tayler menghubungi Skunk untuk membantu. Skunk kemudian meledakkan tembok untuk membuka jalan keluar. Mereka kemudian melaporkan kejadian itu ke kantor pusat. Mereka juga melaporkan bahwa telah melacak posisi bom gen yang dibawa Orca yang jatuh serta telah menemukan lokasi putik Pandora.
Mereka kemudian menuju ke tempat ditemukannya sinyal bom gen. Dalam perjalanan, Lucy menghubungi Connor secara pribadi dan menyuruhnya mengambil kepala robot Android dari Orca yang telah meledak. Lucy mencurigai telah terjadi sabotase.
Mereka tiba di lokasi penemuan sinyal bom gen. Rupanya bom itu tersangkut dalam sebuah mobil yang tergantung di atas gedung tua yang hampir runtuh. Dengan susah payah Cheng dan Tayler berhasil mengambil bom itu, sementara Connor berhasil mendapatkan kepala robot android. Connor pun segera mengambil data yang tersimpan di kepala robot android tersebut. Akhirnya terungkaplah bawa Mayor Jenderal Sean Li sudah memprogram android itu untuk menyabotase misi.
Cheng menghubungi Sean Li. Akhirnya Sean Li mengaku bahwa memang dialah yang ingin menggagalkan misi itu karena dia tidak mau proyek Skynet berhenti. Dia juga memberitahu Cheng bahwa dia sudah menyiapkan Timora dan Enigma untuk menghentikan mereka. Sean Li kemudian mengaktifkan sebuah alat di robot Timora.
Mereka segera bergegas menuju ke lokasi putik Pandora. Robot Enigma muncul mengejar mereka. Kejar-kejaran disertai pertempuran sengit pun terjadi. Di jembatan layang, Enigma berhasil menangkap panser mereka dan berusaha menyeretnya agar jatuh ke bawah. Chen menyerahkan bom gennya kepada Tayler agar melanjutkan perjalanan, sedang dia akan menghadapi Enigma sendirian. Chen berhasil membuat Enigma melepaskan panser, namun dia ikut terjatuh ke bawah jembatan layang. Sementara itu di kantor pusat, Lucy menemukan bahwa robot Timoralah yang telah melumpuhkan sistem komunikasi mereka. Alat yang dipasang di robot itu menangkap semua sinyal komunikasi dalam radius 5 kilometer.
Panser tiba di lokasi putik Pandora. Robot Timora pun datang untuk menghentikan mereka. Connor segera memasang bom untuk membuka jalan ke bawah tanah menuju lokasi putik, sementara Tayler dan Skunk akan menghentikan Timora. Sebelumnya mereka mengamankan Panpan ke dalam sebuah bus rusak. Pertempuran sengit pun terjadi. Mereka berusaha untuk melumpuhkan alat penangkap sinyal komunikasi di Timora. Mereka kewalahan, hingga pada suatu ketika Timora meluncurkan peluru ke arah bus di mana Panpan bersembunyi. Bus pun meledak.
Namun rupanya Chen masih hidup dan berhasil mengeluarkan Panpan sesaat sebelum ledakan. Melihat hadirnya Chen, mereka merasa mendapat angin hingga akhirnya Skunk berhasil meledakkan Timora dengan senjata favoritnya. Sementara itu, Connor berhasil membuat jalan menuju putik tepat di saat badai kedua mulai terjadi. Di kantor pusat, Kolonel Tam sudah mengetahui bahwa Sean Li telah melakukan sabotase. Dia kemudian menyuruh Sean Li untuk menghentikan robotnya, namun Sean Li bersikeras menolaknya. Saat mereka sedang berdebat, di saat yang sama Chen berhasil meledakkan bom gen tepat di putik Pandora. Pandora yang menjalar akibat badai tiba-tiba langsung berhenti. Sean Li yang mengetahui hal itu merasa dirinya telah gagal. Dia kemudian menembak kepalanya sendiri di hadapan Kolonel Tam.
– – –
Sekarang Pandora tidak berbahaya. Dia tumbuh subur dan memurnikan atmosfer yang tercemar. Panpan ditemani Connor melukis di panser yang menggambarkan mereka berlima sedang berada di bawah pelangi. Sementara Tayler dan Skunk sedang berdebat di atas panser.
Credit scene: Tyler dan Skunk terbang menuju bulan untuk menyelidiki sebuah sinyal yang terlacak dari sana.
