Paul Atreides bersama dengan Chani dan bangsa Fremen berperang untuk membalas dendam terhadap para konspirator yang menghancurkan keluarganya. Menghadapi pilihan antara cinta dalam hidupnya dan nasib alam semesta, dia berusaha mencegah masa depan buruk berdasarkan penglihatan ramalannya.
Putri Kaisar bernama Irulan secara diam-diam membuat laporan mengenai kemungkinan Paul Atreides masih hidup setelah pembantaian yang dilakukan oleh Kaisar yang bekerja sama dengan bangsa Harkonnen. Sementara itu, Kaisar Saddam sendiri merasa resah karena takut jatuhnya keluarga Atreides bisa menjadi ancaman baginya.
Sementara itu di markas Harkonnen, pemimpin Harkonnen yang bernama Baron memberikan jabatan kepada ponakannya yang bernama Raban untuk melindungi rempah-rempah sekaligus membinasakan suku lokal planet Arrakis, yaitu bangsa Fremen.
Paul kabur bersama ibunya, Lady Jessica setelah keluarganya dibantai oleh bangsa Harkonnen. Saat ini, mereka berdua bersama bangsa Fremen untuk menuju ke Sietch Tabr. Namun, dalam perjalanan mereka mengalami masalah karena Harkonnen tiba-tiba datang dengan thopter untuk mencari keberadaan para Fremen.
Bangsa Fremen menggunakan alat bernama tamper untuk memanggil cacing gurun raksasa. Sehingga pasukan Harkonnen segera naik ke bukit, tapi tiba-tiba Fremen menembaki mereka dari kejauhan hingga Harkonnen tak punya waktu untuk membalas. Setelah menghabisi para Harkonnen, Fremen segera mengambil cairan tubuh mereka karena langkanya air bersih.
Mereka tiba di Sietch Tabr sambil membawa tubuh bangsa Fremen bernama Jamis yang sudah dihabisi oleh Paul saat duel. Paul dan ibunya tidak disambut dengan baik karena banyak Fremen menganggap mereka sebagai mata-mata. Namun, ada juga yang percaya bahwa Paul adalah orang yang akan membawa bangsa Fremen menuju kebebasan yang disebut dengan lisan alghaib.
Pemimpin bangsa Fremen yang bernama Stilgar mencoba meyakinkan para tetua di sana bahwa Paul adalah orang yang ada di ramalan mereka selama ini. Para tetua masih tidak percaya, namun Stilgar sekuat tenaga meyakinkan mereka bahwa Paul adalah lisan alghaib.
Sementara itu, Lady Jessica diminta untuk menggantikan pendeta Fremen yang saat ini sudah sekarat. Jika Jessica tidak mau, mereka tidak akan diterima di sana. Jessica tidak memiliki pilihan lain, terlebih lagi mereka sudah tidak memiliki tujuan lain. Jessica kemudian dipanggil oleh Pendeta dan diberi racun sebagai ritual. Racun tersebut sangat mematikan bagi laki-laki, dan hanya orang terpilih yang mampu bertahan dari racun tersebut. Jessica merasa sangat kesakitan dan berusaha sekuat tenaga untuk bertahan, hingga akhirnya pendeta tahu bahwa Jessica sedang mengandung.
Saat yang sama, Stilgar dan anak buahnya percaya bahwa Paul adalah orang terpilih, sementara Chani dan kawan-kawannya tidak mempercayai hal tersebut. Mereka yakin bahwa bangsa Fremen bisa bebas tanpa bantuan siapapun, terutama dari orang luar. Terjadi perdebatan karena Jessica mampu bertahan dari racun, membuat Stilgar yakin bahwa Paul adalah benar-benar orang terpilih, sementara Chani masih belum percaya. Paul merasa sungkan dan mengatakan bahwa ia bukanlah orang terpilih, tidak mencari kekuasaan, dan hanya ingin mempelajari hidup sebagai seorang Fremen serta berperang melawan Harkonnen.
Jessica akhirnya sadar bahwa racun yang diminumnya membangkitkan kesadaran janinnya. Jessica bisa berbicara dengan anaknya yang masih dalam kandungan, dan percaya bahwa bangsa Fremen harus diyakinkan terlebih dahulu tentang ramalan tersebut, terutama yang lemah terlebih dahulu. Semenjak perkataan Paul yang tidak ingin kekuasaan, Chani pun mulai menghormatinya.
Paul kemudian diminta untuk menyeberangi gurun pasir sebagai syarat awal untuk menjadi seorang bangsa Fremen. Tentu saja, Stilgar tidak lupa memperingatkan Paul akan bahaya cacing gurun raksasa. Perjalanan pun akhirnya dimulai hingga malam hari. Chani juga ada di sana membantu Paul melewati tantangan tersebut. Tak lupa, Chani juga mengajari Paul beberapa cara hidup sebagai seorang Fremen.
Keesokan harinya, bangsa Harkonnen kembali mencari keberadaan Fremen menggunakan kendaraan canggihnya. Namun, Fremen yang sudah hafal daerah tersebut langsung menyerang Harkonnen secara tiba-tiba. Namun Fremen juga mengalami masalah karena pesawat Harkonnen yang mengacaukan strategi mereka. Akhirnya, Chani berhasil menembak jatuh pesawat Harkonnen.
Setelah berhasil mengalahkan pasukan Harkonnen, semua pejuang Fremen mulai menerima keberadaan Paul, melihat kemampuan bertarungnya yang sangat baik. Stilgar pun memberi julukan Paul sebagai Muad’Dib, yang artinya tikus gurun.
Paul bertanya pada Chani apakah dia bisa menunggangi cacing gurun seperti bangsa Fremen. Namun, yang bisa menungganginya hanyalah keturunan bangsa Fremen. Chani mengatakan bahwa ia pasti bisa. Hubungan mereka semakin dekat dan mereka berdua pun jatuh cinta satu sama lain. Setelah itu, mereka berdua menjalani hidup bersama dan berperang melawan Harkonnen.
Di sisi lain, Rabban dipanggil oleh Baron karena kinerjanya yang kurang memuaskan. Rabban selalu gagal mencari keberadaan markas bangsa Fremen. Baron mengancam akan menghabisinya jika gagal lagi.
Keesokan harinya, Paul mendapat penglihatan bahwa di masa depan jutaan orang akan tewas karena kelaparan akibat perang yang dimulai oleh Paul. Namun, Chani mencoba menenangkannya.
Tes terakhir bagi Paul adalah menunggangi cacing gurun raksasa untuk pertama kalinya. Dengan menggunakan alat tamper, Paul mulai memancing cacing gurun untuk datang. Tak lama kemudian, cacing pun datang dengan ukuran yang sangat besar dari biasanya. Meskipun awalnya mengalami kesulitan, Paul akhirnya berhasil menungganginya dengan lancar.
Kabar tersebut langsung didengar oleh pengikut Lady Jessica, sehingga mereka semakin percaya bahwa Paul adalah orang yang ada di ramalan. Mereka segera menyebarkan berita tersebut ke semua orang. Jessica kemudian berniat untuk pergi menuju markas Fremen yang ada di Selatan, namun Paul menolak permintaan ibunya karena jika ia ke Selatan, maka perang Suci akan terjadi. Berdasarkan penglihatannya, jutaan orang akan mati kelaparan jika terjadi perang yang ia mulai. Pada akhirnya, Jessica bersama pengikutnya mulai berangkat ke Selatan dan dalam perjalanannya, mereka sempat terhalang oleh badai pasir yang sangat dahsyat.
Badai itulah yang membuat Harkonnen sulit mengakses bangsa Fremen yang ada di Selatan karena adanya badai dan wilayahnya yang sangat gersang. Setelah itu, bangsa Fremen mulai melakukan penyerangan dengan menghancurkan tempat yang menyimpan sebagian besar rempah-rempah yang dimiliki oleh Bangsa Harkonnen.
Rabban bersama pasukannya bergegas mencari keberadaan Fremen yang ada di sebuah bukit. Rabban yang emosi langsung menembaki bukit, sehingga penglihatan mereka menjadi sangat terbatas. Saat Rabban dan pasukannya turun, Fremen langsung menghabisi Harkonnen, membuat pasukan Harkonnen kebingungan dan memutuskan untuk mundur.
Sementara itu, bertepatan dengan ulang tahunnya, Baron mengadakan pesta Gladiator, dan Feyd-Rautha, keponakan Baron yang sangat kejam, akan bertarung melawan tiga keturunan terakhir keluarga Atreides. Pertarungan pun akhirnya dimulai. Rautha berhasil mengalahkan dua orang Atreides dengan mudah, namun satu orang berhasil bertahan melawan Rautha hingga akhirnya ia mati di tangan Rautha.
Di sisi lain, Irulan akhirnya tahu bahwa dalang pembantaian keluarga Atreides adalah ayahnya sendiri, yaitu Kaisar, yang dihasut oleh pendeta Kaisar. Ayah Paul, sekaligus pemimpin keluarga Atreides, sangat disukai banyak orang, sehingga hal itu bisa menjadi ancaman bagi Kaisar.
Rautha kemudian diangkat menjadi pengganti Rabban yang mempunyai misi untuk menguasai planet Arrakis, mengambil seluruh rempah-rempah, dan dijanjikan kekuasaan sebagai seorang Kaisar.
Bangsa Fremen kembali diserang, namun lagi-lagi mereka berhasil menghancurkan kendaraan canggih milik musuh. Ternyata, pasukan itu bukanlah Harkonnen melainkan para penyelundup. Di sana, ada mentor lama Paul yang bernama Gurney. Mereka tidak menghabisi Gurney dan pasukannya. Malahan, Paul merekrut Gurney untuk bergabung dengan Fremen. Gurney mengajak Paul ke sebuah tempat rahasia milik keluarga Atreides yang ternyata berisi banyak bom nuklir, membuat Chani resah jika Paul terhasut untuk berperang.
Lady Jessica akhirnya sampai di tempat ritual. Jessica mengambil air racun, yang merupakan racun dari cacing gurun yang masih berukuran kecil. Racun tersebut disiapkan untuk Paul. Paul kembali mendapat penglihatan bahwa Chani terkena efek samping dari bom atom milik keluarganya. Paul panik dan mengecek keberadaan Chani yang masih baik-baik saja, namun sayangnya, pasukan Harkonnen yang dipimpin oleh Rautha berhasil menghancurkan markas Fremen yang ada di utara.
Rabban tak terima jika ia digantikan. Akhirnya, Rautha menghajarnya, dan Rabban dipaksa untuk mencium kakinya karena sebelumnya sudah mempermalukan nama keluarga karena gagal melindungi tempat rempah-rempah. Serangan Harkonnen membuat banyak bangsa Fremen luka berat dan tewas, sehingga mereka mau tak mau harus ke selatan agar bisa selamat. Sedangkan Paul masih ragu karena takut jika perang Suci benar-benar terjadi.
Stilgar ingin Paul memimpin Fremen, namun Paul menolak. Semua orang mencoba membujuk Paul untuk ikut ke selatan karena Paul sudah dianggap sebagai pemimpin. Chani kembali membujuk Paul, namun Paul masih tak mau karena jika perang Suci terjadi, ia akan kehilangan Chani. Namun, Chani mencoba meyakinkan Paul bahwa mereka akan selalu bersama. Markas Fremen yang ada di utara akhirnya dihancurkan, dan Harkonnen sudah menguasai wilayah tersebut untuk mengambil rempah-rempahnya.
Pada akhirnya, Paul mau untuk ikut ke selatan bersama bangsa Fremen. Paul sempat mampir ke tempat ritual yang sama seperti ibunya. Di sana, ia meminum racunnya, membuat Paul tak sadarkan diri selama beberapa jam. Chani yang ada di sana mencoba membantu menyadarkan Paul. Paul kembali sadar, namun Chani menamparnya karena ia sudah meminum racun tersebut, membahayakan nyawanya.
Paul kemudian menceritakan penglihatannya kepada ibunya. Paul mengaku jika ia melihat masa lalu dan masa depan, serta ia tahu jika Baron adalah kakeknya. Sebagai tambahan, Paul bisa mengetahui tujuan adiknya untuk hidup yang masih ada dalam kandungan.
Paul akhirnya sampai di selatan, di mana semua mata tertuju padanya. Saat di dalam, semua orang sudah menunggu kedatangannya. Namun, Paul yang baru saja tiba diminta untuk menghabisi Stilgar agar ia menjadi pemimpin selanjutnya. Namun, ia menolak secara mentah-mentah karena ia tak mau menghabisi pejuang hebat seperti Stilgar. Paul malah menantang semua orang di sana.
Hal ini membuat semua bangsa Fremen selatan sangat marah. Namun, dengan kekuatannya, Paul membongkar identitas salah satu Fremen, sehingga akhirnya membuat semua Fremen percaya bahwa Paul adalah orang yang sudah diramalkan atau lisan alghaib. Secara tidak langsung, Paul sudah menjadi pemimpin bangsa Fremen.
Paul kemudian menantang Kaisar dengan mengirimkan sebuah surat. Kaisar, yang membaca surat tersebut, segera menuju Arrakis bersama anaknya serta pasukan terbaik mereka yang disebut sebagai Sardaukar. Setelah itu, Kaisar menginterogasi Baron yang tak kunjung menguasai wilayah selatan. Namun, Baron mengaku bahwa wilayah selatan mustahil untuk ditaklukkan karena wilayahnya yang sangat ekstrem. Melihat keadaan Fremen yang baik-baik saja, Kaisar tak percaya dan menghancurkan alat bantu Baron, membuatnya tak berdaya.
Tapi, tanpa Kaisar sadari, bangsa Fremen dalam jumlah yang sangat banyak sudah bersiap untuk menyerang. Mereka menunggu datangnya badai karena perisai tak bisa bertahan di tengah badai. Dirasa waktunya pas, Fremen meluncurkan bom milik Atreides dan berhasil menghancurkan sistem pertahanan Sardaukar.
Dengan menunggangi cacing gurun raksasa, bangsa Fremen berhasil membantai pasukan Sardaukar. Fremen berhasil menembus markas Harkonnen, Paul segera menghabisi kakeknya, yaitu Baron. Setelah itu, Kaisar dibawa ke ruang utama, dan perang berlanjut sampai malam hari antara Sardaukar dan Fremen. Garney membalaskan dendamnya dengan menghabisi Rabban. Setelah semua berkumpul, keluarga besar Kaisar datang untuk membantu, namun Garney memperingatkan mereka jika mereka menyerang, maka seluruh rempah-rempah akan dihancurkan oleh Paul.
Paul juga berniat untuk menikahi Irulan agar bisa mengambil kekuasaan Kaisar. Hal itu didengar oleh Chani yang ada di sana, membuat Chani merasa dikhianati. Kaisar sendiri mengaku jika ia menghabisi ayah Paul karena ayahnya yang terlalu lemah saat menjadi pemimpin. Paul meminta Kaisar menyerah atau ia bisa mengirim pasukan terbaiknya untuk berduel dengannya. Rautha yang mendengar kemudian menawarkan diri untuk melawan Paul.
Pertarungan dimulai, mereka berdua bertarung dengan sangat sengit. Namun sayangnya, Paul tertusuk oleh Rautha. Meskipun terluka parah, Paul akhirnya mampu mengalahkan Rautha. Setelah itu, Kaisar pun berlutut dan mencium tangan Paul.
Chani yang marah dengan Paul pun segera pergi dari sana dengan memanggil cacing gurun raksasa, sedangkan bangsa Fremen dibawa oleh Paul menuju tempat yang disebut mereka sebagai surga. Sementara itu, Jessica menyadari bahwa semua itu adalah awal mula dari perang Suci.
